В ходе проделанной работы из банка данных UniProt было скачано 6 белков по их идентификаторам
После скачивания в FASTA-формате при помощи корзины все 6 последовательностей были загружены одним файлом в программу Jalview и выровнены.
Можно увидеть, что из 6 последовательностей первая, имеющая идентификатор M4ZXT5_9ACTN, является лишней.
Лишняя последовательность является азот-регулирующим белком, в то время как остальные 4 являются глицин-расщепляющей системой, что уже указывает на их негомологичность. Однако возможно происхождение белков с разными функциями друг от друга в процессе эволюции, так что судить об уровне гомологичности можно только по выравниваниям
Для большей достоверности можно построить при помощи Uniprot дерево по этим последовательностям.
Ссылка на fasta-файл с последовательностями белков
Ссылка на выравнивание, полученное во втором задании, в формате MSF
Ссылка на выравнивание, полученное во втором задании, в формате FASTA
Ссылка на проект JalView с тремя окнами
© Борисов Евгений 2016