1a. Все вертикальные блоки, то есть участки, на которых для каждой колонки можно ожидать гомологию между остатками из ВСЕХ последовательностей.
1b. Один блок
Три из пяти данных последовательностей показались мне наиболее схожими между собой. Я объединил их в одну группу и раскрасил так же, как выравнивание. Символом H выделен участок, на котором в пределах группы все остатки с очень высокой вероятностью гомологичны ввиду абсолютной консервативности колонок.
2a. Данный блок (из части последовательностей) содержит 9 абсолютно консервативных позиций и 1 абсолютно функционально консервативную.
2b. Самый длинный участок, не входящий в блоки (отмечен как Х), содержит 9 гэповых колонок, что составляет примерно 16,07% от всех колонок(всего в нем 56 позиций).
4. Консенсусная последовательность одного из блоков и его LOGO:
>Consensus/1-19 Percentage Identity Consensus
GITDHAQDQLGDIVFVELP
5. Паттерн блока: G-[ILV]-[ST]-[DS]-[FHY]-A-x-[DES]-[AEQ]-L-[GS]-D-[IL]-V-[FH]-[LV]-[EN]-L-P
6. Выравнивание с одной заведомо негомологичной последовательностью
В качестве негомологичной последовательности была использована поли(А)-полимеразы из генома бактерии Aquifex aerocus (идентификатор белка NP_213288.1). Так как его длина превосходит длину других белков, была взята только первая часть последовательности
7. Множественное выравнивание заведомо негомологичных (не родственных) белков примерно одинаковой длины
Были взяты следующие белки(самые разные из самых разных организмов):
© Борисов Евгений 2016