Выборка гомологов моего белка(NP_213288.1) содержит 100 последовательностей, из которых гомологичных по всей длине (query cover > 80%) 4.
Из полученных находок можно считать гомологами целой исходной последовательности 97 находок.
| poly(A) polymerase [Hydrogenivirga sp. 128-5-R1-1] | tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase [Candidatus Magnetomorum sp. HK-1] | poly(A) polymerase [Geobacter sp. M21] | |
| Длина выравнивания | 885 | 891 | 889 |
| Bit score | 1102 | 396 | 412 |
| % идентичных и сходных остатков | 67 | 31 | 32 |
| E-value | 0.0 | 2e-121 | 2e-127 |
Глобальное выравнивание (выданное needle)
Локальное выравнивание (выданное water)
Глобальное выравнивание (полученное из множественного)
Само множественное выравнивание
Выравнивание выравниваний между собой показало, что needle и water превосходно выравниваются между собой, что не удивительно, ведь это точные алгоритмы. Выравнивание из BLAST совпадает с ними довольно хорошо. Однако, выравнивание, выделенное из множественного, сделанного с помощью muscle, сильно отличается от первых трех.
Смотри последнее окно, по порядку выравнивания needle, water, множественное выравнивание, BLAST
Глобальное выравнивание двух негомологичных белков (альфа-цепь гемоглобина мыши и гистон H3 человека) через needle
Локальное выравнивание двух негомологичных белков (альфа-цепь гемоглобина мыши и гистон H3 человека) через water
Проект с негомологичными выравниваниями
© Борисов Евгений 2016