| Отобранные бактерии | |
|---|---|
| Название бакрерии | Мнемоника |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Enterococcus faecalis | ENTFA |
| Finegoldia magna | FINM2 |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
Дерево содержит шесть нетривиальных ветвей (что соответствует формуле n-3, где n-число ветвей):
{CLOTE, FINM2} против {ENTFA, LACAC, LISMO, BACSU, GEOKA, STAAR, STAES}
{ENTFA, LACAC} против {CLOTE, FINM2, BACSU, LISMO, GEOKA, STAAR, STAES}
{BACSU, GEOKA} против {CLOTE, FINM2, ENTFA, LISMO, LACAC, STAAR, STAES}
{CLOTE, FINM2, ENTFA, LACAC} против {LISMO, BACSU, GEOKA, STAAR, STAES}
{STAAR, STAES} против {CLOTE, FINM2, ENTFA, LACAC, LISMO, BACSU, GEOKA}
{LISMO, BACSU, GEOKA} против {CLOTE, FINM2, ENTFA, LISMO, LACAC, STAAR, STAES}
Все рассматриваемые бактерии относятся к типу Фирмикут, для наглядности я подписал нетривиальные ветви соответсвующими названиями таксонов
Для реконструирования дерева по белковой последовательности я выбрал фермент енолазу (ENO) или фосфопируватгидратазу, который катализирует переход 2-фосфо-D-глицериновой кислоты в фосфоенолпируват с отщеплением молекулы воды на последнем этапе гликолиза. Данный фермент есть у всех изучаемых бактерий.
Для дальнейшей работы были получены следующие файлы:
© Борисов Евгений 2017