Практикум 11
Количество находок: 102
Ссылка на taxonomy report Различных организмов много: бактерии, человек, картофель, рыба-зебра, орангутан и т.д.
| Лучшая находка | Находка из середины списка | Худшая находка | |
| Длина выравнивания | 264 | 246 | 153 |
| Bit score | 544 | 166 | 43.9 |
| Идентичные остатки, % | 100 | 36 | 23 |
| Сходные остатки, % | 100 | 56 | 44 |
Рис.1 Графическое представление результатов поиска гомологов.
Поиск по определённой группе организмов
Я провёл поиск по организмам группы Eubacteria. Выбрал находку из Bacillus subtilus. Ничего не изменилось, кроме E-value. При поиске по таксону E-value получилось 9e-49, а в общем 2e-48. Это связано с тем, что обычно при поиске в большем банке E-value получается больше.Карта локального сходства
Рис.2 Карта локального сходства с находкой из Bacillus subrilus
Очевидно, разрывы линии соответствуют участкам, на которых происходили индели.
Поиск по базе данных
Рис.3 Скриншот выдачи поиска последовательности "моего" белка по базе данных, созданной из align_06.fasta из задания 8.
E-value достаточно большие, чтобы считать, что последовательности негомологичны. E-value - это математическое ожидание количества хитов при данном скоре для базы данных.