Практикум 12
|
|
На главную
|
Проект JalView
Задание 1
С целью определения семейства белка Methionine aminopeptidase из организма Elusimicrobium minutum алгоритму PSI-BLAST была подана его аминокислотная последовательность. Некоторые данные об увиденном представлены в таблице 1. (ID = Identity, из текста задания). Поиск вёлся по базе Swissprot.
Таблица 1. Информация об итерациях PSI-BLAST
|
Номер итерации
|
Количество находок
|
Количество новых находок
|
ID лучшей находки
|
Score лучшей находки
|
E-value лучшей находки
|
ID худшей находки
|
Score худшей находки
|
E-value худшей находки
|
|
1
|
107
|
107
|
100%
|
544
|
0.0
|
23%
|
42.0
|
0.003
|
|
2
|
432
|
325
|
100%
|
371
|
5e-128
|
17%
|
43.1
|
0.002
|
|
3
|
435
|
3
|
100%
|
302
|
6e-101
|
38%
|
79.8
|
5e-07
|
|
4
|
436
|
1
|
100%
|
282
|
3e-93
|
9%
|
46.0
|
7e-05
|
|
5
|
436
|
0
|
100%
|
277
|
2e-91
|
38%
|
84.0
|
1e-06
|
Задание 3
Было построено множественное выравнивание белков семейства с помощью программы muscle на сервере kodomo.
Команда: muscle -in seqdump.fasta -out muscle_aligned.fasta
Задание 4
Выравнивание seed белкового семейства, полученное с помощью muscle. Алгоритм получения: remove redundancy 76% -> remove all gaps -> сохранение fasta-файла -> его подача на вход muscle.
Задание 5
Выравнивание seed белкового семейства, построенное с помощью программы mafft.
Задание 6
Сравнение выравниваний mafft_seed и muscle_seed.
Выравнивания почти полностью идентичны на протяжении больших блоков, но различаются в тех местах, где последовательности не выглядят гомологичными.
|