Множественное выравнивание
Задание 1
Ссылка на выравнивание в fasta-форматеСсылка на выравнивание в jvp-формате
Анализ выравнивания был проведён с помощью программы JalView .
Рис. 1 Филогенетическое дерево последовательностей. На всех рисунках ниже последовательности отсортированы по этому дереву.
Рис. 2 Раскраска BLOSSUM62.
Рис. 3 Раскраска ClusalX.
Задание 2
Рис. 4 Разметка Blocks отражает принадлежность участка выравнивания к блоку (B) или пространству между блоками в кластере (C). Также выделен наиболее длинный участок, не принадлежащий кластерам (X). Последние 3 блока можно объединить в кластер.
Рис. 5 На рисунке выделен участок выравнивания, на котором можно ожидать гомологичность последовательностей LACLK, LISML и ENTFO (стоит заметить, что в филогенетическом дереве они стоят очень близко), потому что колонки этих последовательностей образуют блок. При этом нет данных за гомологичность остальных последовательностей на данном участке.
Задание 3
Количество абсолютно консервативных позиций: 10Количество абсолютно функционально консервативных позиций: 17
Количество позиций, консервативных не меньше, чем на 70%: 16
Количество позиций, функционально консервативных не меньше, чем на 70%: 20
Процент абсолютно консервативных позиций: 38.46%
Процент абсолютно функционально консервативных позиций: 65.38%
Процент позиций, консервативных на 70%: 61.54%
Процент позиций, функционально консервативных на 70%: 76.92%
Величины посчитаны для блока, изображённого на рис. 6.
Рис. 6
Количество позиций с гэпами: 3
Процент позиций с гэпами: 15%
Величины посчитаны для самого длинного участка между кластерами (он обозначен X на рис. 5).
Задание 4
Рис. 7 К оригинальному выравниванию была добавлена последовательность EUBR3.
Ссылка на EUBR3 в fasta-формате
Задание 5
Рис. 8 К оригинальному выравниванию была добавлена заведомо негомологичная последовательность, вырезанная из начала моего белка с pdb-идентификатором 1XNZ (STRAN в выравнивании). Удалось найти 12 совпадений с функционально консервативными не менее, чем на 70% участками выравнивания.
Задание 6
Рис. 8 Начало выравнивания негомологичных последовательностей белков.
Рис. 9 "Хороший" участок выравнивания для двух негомологичных последовательностей, наиболее близких по филогенетическому дереву.
Не было найдено вертикальных блоков, затрагивающих все последовательности, как и ожидалось от негомологичных последовательностей. Встречаются абсолютно функционально консервативные столбцы (гидрофобные), но это, скорее всего, связано с частотой встречаемости аминокислот.