Практикум 9

Ход работы

1. С помощью встроенного инструмента JalView Principal component analysis были получены наиболее далёкие последовательности: ROSHA и DESOD.
2. Были построены четыре парных выравнивания, результаты представлены в таблице 1.
Таблица 1. Парные выравнивания последовательностей.

	water	needle
Параметры по умолчанию	water	needle
Изменённые параметры	water1.fasta	needle1.fasta

Для выравнивания в water был уменьшен штраф за открытие гэпов, а в needle - штраф за продолжение. Стоит заметить, выравнивания получились одинаковыми.
Также были построены парные глобальное и локальное выравнивания негомологичных последовательностей.
Ссылка на локальное выравнивание Ссылка на глобальное выравнивание

Сравнение выравниваний последовательностей DESOD и ROSHA с параметрами по умолчанию и изменёнными параметрами.

При уменьшении штрафов за открытие гэпа или продолжение, наблюдается небольшое изменение выравнивания - во втором случае в одном месте был вставлен длинный гэп.

Комментарии о характеристиках разных выравниваний

Таблица 2 Параметры "плохих" и "хороших" выравниваний, полученные с помощью программы Infoalign.

	Процент идентичных колонок	Процент сходных колонок	Число гэпов
"Плохое" глобальное	5,91	10,64	20(98)*
"Хорошее" глобальное	22,12	38,46	0
"Плохое" локальное	16,94	19,67	8(44)
"Хорошее" локальное	23	40	0
"Хорошее" глобальное с изменёнными параметрами	12,4	41,32	22 (32)
"Хорошее" локальное с изменёнными параметрами	16,82	41,12	3 (17)

*В скобках указано количество символов "-".
Локальное выравнивание "лучше", так как оно позволяет точно определять гомологичность по скорам. С глобальным было бы сложнее.
Множественное выравнивание нужно, когда мы рассматриваем несколько последовательностей, а парное - когда рассматриваем две. Так что трудно сказать, какое лучше.