Практикум 3

Задание 1

Рис. 1 ДНК в A-форме. Пять раз повторена последовательность GATC. Ссылка на pdb

Рис. 2 ДНК в B-форме. Пять раз повторена последовательность GATC. Ссылка на pdb

Рис. 3 ДНК в Z-форме. 10 раз повторена последовательность GC. Ссылка на pdb
Все pdb-файлы были построены с помощью программы fiber из пакета X3DNA.

Задание 2

Упражнение 1

На всех рисунках показана А-форма ДНК.

Рис. 4 Сахарофосфатный остов ДНК выделен жёлтым, а основания синим. Jmol-команда select backbone.

Рис. 5 Все нуклеотиды выделены фиолетовым. Jmol-команда select all .

Рис. 6 Все нуклеотиды, содержащие основание аденин выделены красным. Всё остальное жёлтым. Jmol-команда select A.

Рис. 7 Синим цветом выделены атомы N7 всех гуанинов.

Упражнение 3

Рис. 8 Разрыв в ДНК в выданном pdb.

Задание 3

Упражнение 1

Рис. 9 Изображение цитозина, полученное в Marvin sketch. Красным выделены атомы, направленные в сторону малой бороздки, а красным - в сторону большой. А-форма. Ссылка на mrv

Рис. 10 Изображение цитозина, полученное в Marvin sketch. Обозначения такие же, что и на предыдущем рисунке. B-форма. Ссылка на mrv

Рис. 11 Изображение цитозина, полученное в Marvin sketch. Обозначения такие же, что и на предыдущем рисунке. Z-форма. Ссылка на mrv

Упражнение 2

	A-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	7.98 [GT]31 - [GC]4	17.21 [DG]9 - [DG]29	9.87 [DC]28 - [DG]17
Ширина малой бороздки	16.81 [DA]14 - [DG]29	11.69 [DG]13 - [DC]32	16.08 [DC]8 - [DC]32

Упражнение 3

Таблица 1. Торсионные углы, измеренные вручную разных форм ДНК.

Торсионный угол	A-форма	B-форма
α	-51.7	-29,9
β	174.8	136,4
γ	41.7	31.1
δ	79.1	143.4
ε	-147.8	-140.8
ζ	-75.1	-160.5
χ	-157.2	-98

Задание 4

Упражнение 1

Таблица 2. Средние значения торсионных углов в РНК 1F7U.pdb.

Торсионный угол	A	C	G	T
α	-61,14	-63,05	-13,96	-65,40
β	-34,66	-3,93	66,90	36,66
γ	51,82	52,08	54,59	48,64
δ	82,64	82,18	81,04	82,34
ε	-151,18	-153,10	-149,78	-151,10
ζ	-71,54	-73,10	-71,31	-73,14
χ	-159,78	-162,14	-169,15	-156,54

Степень деформированности определялась суммой модулей разностей значений углов нуклеотида и средних значений торсионных углов. Номер самого деформированного нуклеотида: 23. Степень деформированности составила 612,04.
Таблица 3. Средние значения торсионных углов в ДНК 1TRO.pdb.

Торсионный угол	A	C	G	T
α	-65,92	3,57	-71,35	-64,32
β	95,10	85,12	30,68	15,03
γ	41,68	24,59	63,8	53,65
δ	128,03	79,76	121,94	130,61
ε	-29,05	-156,08	-34,94	-131,53
ζ	-110,86	-85,59	-96,22	-95,18
χ	-110,69	-158,34	-128,36	-116,56

Степень деформированности определялась суммой модулей разностей значений углов нуклеотида и средних значений торсионных углов. Номер самого деформированного нуклеотида: 6. Для этого нуклеотида степень деформированности составила 715,25.

Упражнение 2

Стебли: 901-907 : 972-966; 949-953 : 965-961; 939-944 : 931-926; 910-913 : 925-922
Запись "w-x : y-z" означает, что участок РНК с w по x соединён водородными связями с участком с y по z и образует стебель.
Неканонические пары оснований: 901:972; 905:968; 955:917; 943:927; 944:926; 913:922
Стабилизирующие пары оснований: 954:958; 955:917; 914:908; 915:948; 918:956

Упражнение 3

Рис. 12 Изображение стекинг-взаимодействия между парами нуклеотидов.