Практикум 4
Задание 1
Упражнение 1
Рис. 1 Файл 1f7u.inv, полученный с помощью программы einverted. Замечу, что в 1F7U.fasta, взятом с сайта pdb, присутствует неканонический нуклеотид гипоксантин, который стоял на 934 позиции. Его пришлось вырезать, для того чтобы einverted обработала файл.
Упражнение 2
Таблица 1. Сравнение предсказаний вторичной структуры тРНК разными методами.| Участок структуры | Позиции в структуре | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5'-901-907-3' 5'-966-972-3' Всего 7 пар |
4/7 | 4/7 |
| D-стебель |
5'-910-913-3' 5'-925-922-3' Всего 4 пары |
0/4 | 0/4 |
| T-стебель |
5'-949-953-3' 5'-965-961-3' Всего 5 пар |
0/5 | 5/5 |
| Антикодоновый стебель |
5'-939-944-3' 5'-931-926-3' Всего 6 пар |
0/6 | 5/6 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 23 | 22 |
Рис. 2 Рисунок тРНК, построенный онлайн-версией программы RNAfold. Параметры энергии были выбраны по модели Andronescu.
Задание 2
Таблица 2. Количество различных ДНК-белковых контактов в 1TRO.pdb.| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 41 | 45 |
| остатками фосфорной кислоты | 54 | 48 | 102 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 28 | 32 | остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |