Практикум 6
Задание 1
Ccылка на файл с прямой цепьюCcылка на файл с обратной цепью
Ccылка на выравнивание Jalview
Ccылка на fasta-файл с "чистой" последовательностью
1.1 Комментарии по хроматограмме
Сигнал в хроматограмме, в среднем, в десятки раз превосходит шумСилы сигнала и шума неравномерны по всей длине хроматограммы
Силы разных очевидных сигналов могут отличаться примерно в 5 раз. В среднем, сигналы разных нуклеотидов мало отличаются.
1.2 Проблемы с определением нуклеотидов
Cлева - проблемный участок, справа - соответствующий фрагмент "reverse complement".
Рис. 1 Широкий А-пик.
Рис. 2 Высокий уровень шума, но виден А-пик.
Рис. 3 Двойной Т-пик. Высокий уровень G-шума.
Рис. 4 Слишком высокий уровень шума, непонятно, какой пик реален. Пришлось достраивать по обратной цепи, где пик выражен чётче.
Рис. 5 На этом участке хроматограммы всё очевидно.
Задание 2
Рис. 5 Пики не отличаются от шума за исключением нескольких выбросов - хроматограмма не читается.