Практикум 7

На главную

Задание 1

Организм: Felis catus
Число сборок: 2
Число проектов по секвенированию(BioProject): 3
Число образцов: 2

Рис. 1 Абиссинская кошка.

Я выбрал сборку GCA_000181335.3.
Ccылка на страницу сборки
Biosample ID выбранной сборки: SAMN02953640

Описание образца:

Пол: женский
Имя: Cinnamon
Порода: Абиссинская
Bioproject IDs выбранной сборки: PRJNA16726

Описание проекта:

В сентябре 2011, The Genome Institute at Washington University School of Medicine, в сотрудничестве с Agencourt Bioscience Corporation и Broad Institute, отправили обновлённую сборку генома Felis catus. Источником ДНК для этой сборки, Felis catus-6.2, послужила абиссинская кошка Cinnamon. Эта сборка была получена комбинацией WGS секвенирования и 454 секвенирования, с общим 14-кратным покрытием генома. Детали процесса сборки описаны на странице WGS-проекта, которую можно найти по идентификатору AANG00000000.
Число контигов: 367,672
Число скэффолдов: 267,928
N50 для скэффолдов: 18,072,971
L50 для скэффолдов: 45
N50 для контигов: 45,189
L50 для контигов: 16,252
Самый длинный контиг: Contig2.2121
Длина самого длинного контига: 491,421
Ccылка на таблицу контигов
Ccылки на таблицу скэффолдов нет, потому что таблицы нет на сайте.

Задание 2


Рис. 1 Мох Codriophorus aciculare.
Запрос в NCBI Nucleotide: KP453983.1
Ccылка на таблицу митохондриальных генов
Число генов РНК: 28
Число генов белков: 38

Задание 3

Таблица 1. Описание некоторых ключей формата GenBank.
Ключ Описание Пример
regulatory Любой участкой ДНК, который принимает участие в регуляции транскрипции или трансляции. 
regulatory      56..235
                /regulatory_class="enhancer"
                /gene="prolactin"
CDS Кодирующая последовательность. Последовательность нуклеотидов, соответствующая последовательности аминокислот белка. Ключ включает последовательность белка, транслированного с последовательности нуклеотидов. 
CDS             109..717
                /gene="sod"
                /EC_number="1.15.1.1"
                /codon_start=1
                /transl_table=11
                /product="superoxide dismutase"
                /db_xref="GOA:P28763"
                /db_xref="HSSP:P00448"
                /db_xref="InterPro:IPR001189"
                /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P28763"
                /protein_id="CAA45406.1"
                /translation="MTYELPKLPYTYDALEPNFDKETMEIHYTKHHNIYVTKLNEAVS
                GHAELASKPGEELVANLDSVPEEIRGAVRNHGGGHANHTLFWSSLSPNGGGAPTGNLK
                AAIESEFGTFDEFKEKFNAAAAARFGSGWAWLVVNNGKLEIVSTANQDSPLSEGKTPV
                LGLDVWEHAYYLKFQNRRPEYIDTFWNVINWDERNKRFDAAK"
D-loop Петля сдвига. Короткая цепочка ДНК, спаренная с другой цепочкой, которая замещает оригинального партнёра. Также употребляется для описания реакции замещения одной цепочки ДНК в двухцепочечной молекуле на другю цепочку, катализируемой белком RecA. 
D-loop          15654..16529
                /note="control region"
repeat_region Участок генома, состоящий из повторов. 
repeat_region   112..138
                /rpt_type=tandem
                /rpt_unit_seq="ctt"
                /satellite="microsatellite:Gacu13"
S_region Участок переключения тяжёлых цепей имммуноглобулина. Вовлечён в перестройку тяжёлых цепей иммуноглобулина, чтобы тот же самый B-лимфоцит производил другой класс иммуноглобулинов. 
S_region        1..63
stem_loop Двуцепочечный регион сформированный спаренными комплементарными цепочками ДНК и РНК . 
stem_loop       15606..16092
                /inference="ab initio prediction:secondary structure"
source Указывает на биологический источник участка генетического материала определённой протяжённости. Этот ключ является обязательным; допускается более чем одна инстанция этого ключа на одну последовательность. 
source          1..8102
                /organism="Babesia bovis"
                /mol_type="genomic DNA"
                /db_xref="taxon:5865"
                /clone="Segment601"
                /transgenic
STS Тэгированный сайт последовательности; единственная копия короткой последовательности ДНК, которая характеризует landmark разметки генома и может быть обнаружена с помощью ПЦР. Участок генома может быть размечен с помощью определения порядка STS. 
STS             679..1734
                /gene="Itih4"
                /gene_synonym="ITI-HC4; Itih-4; PK-120"
                /standard_name="Itih4"
                /db_xref="UniSTS:265229"
tmRNA Транспортно-матричная РНК; тмРНК работает сначала как тРНК, а потом как мРНК, которая кодирует пептидный тэг; рибосома транслирует этот участок мРНК и прикрепляет пептидный тэг к C-концу незаконченного белка; этот присоединённый тэг делает белок целью разрушения или протеолиза. 
tmRNA           complement(730702..731042)
                /locus_tag="Asbog_00659"
                /product="tmRNA"
                /inference="COORDINATES: profile:ARAGORN:1.2.28"
3'UTR 1)Участок ДНК на 3'-конце зрелого транскрипта после стоп-кодона, который не транслируется в белок.
2)Участок на 3'-конце генома РНК-вируса после последнего стоп-кодона, который не транслируется в белок 
3'UTR           15631..15717

Задание 4

Выполнили поиск BLAST: Saved strategy
Таблица 2. Описание выданных BLASTN последовательностей, гомологичных этой
Название находки Систематика организма Авторы статей о гене Ссылка на файл GenBank Ссылка на выравнивание с нашей последовательностью в формате fasta E-value находки
Scoloplos acutissimus voucher W.44175.001 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Scoloplos acutissimus
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Scoloplos 		Zhadan,A., Stupnikova,A. and Neretina,T. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Phylo michaelseni 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Phylo michaelseni
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Phylo. 		Bleidorn,C. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Orbinia cf. swani 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Orbinia cf. swani
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Orbinia. 		Bleidorn,C. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Leodamas tribulosus voucher Ltr_001 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Leodamas tribulosus
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Leodamas 		Bleidorn,C., Hill,N., Erseus,C. and Tiedemann,R. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Leodamas rubra voucher Leru_001 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Leodamas rubra
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Leodamas. 		Bleidorn,C., Hill,N., Erseus,C. and Tiedemann,R. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Protoariciella uncinata 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Protoariciella uncinata
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Protoariciella. 		Bleidorn,C., Vogt,L. and Bartolomaeus,T. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Leodamas dubia voucher W.45479.001 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Leodamas dubia
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Leodamas. 		Zhadan,A., Stupnikova,A. and Neretina,T. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0
Leitoscoloplos bifurcatus voucher W.44938.001 18S ribosomal RNA gene, partial sequence Leitoscoloplos bifurcatus
Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Orbiniidae; Leitoscoloplos. 		Zhadan,A., Stupnikova,A. and Neretina,T. Ссылка на GenBank Ссылка 0.0

Выводы

1) Очевидно, ген очень консервативен в семействе Orbiniidae.
2) Очень вероятно, наша последовательность - кусок гена 18S рибосомальной РНК организма Scoloplos acutissimus. Название гена подтверждает 1 вывод.
3) Сходство с геном Scoloplos acutissimus составляет 98%
4) Сходство с геном Phylo michaelseni составляет 97%

Рис.2 Скриншот выдачи BLAST, подтверждающий 3-е и 4-е утверждения
Дата последнего обновления: 16.10.2015
© Роман Кудрин
6 и 23-RNA