Практикум 5
Работа с базой данных метаболических путей KEGG
Задание 1
Идентификатор выбранной реакции: R03393Эту реакцию катализируют две группы ортологичных ферментов
Идентификатор 1 группы: K01107
Количество генов в 1 группе: 60
Ссылка на страницу 1 группы
Идентификатор 2 группы: K15422
Количество генов во 2 группе: 57
Ссылка на страницу 2 группы
Рис. 1. Карта метаболического пути инозитолфосфата по всем организмам с выделенной зелёным цветом реакцией
Ссылка на множественное выравнивание всех белков, катализирующих эту реакцию, построенное muscle
Ссылка на проект JalView
Гомологичность белков в выравнивании.
Невозможно точно сказать, существует ли множественное выравнивание вообще. Может быть, существует, потому что в выравнивании есть несколько хороших консервативных блоков с нечастыми аминокислотами.Проверка выравнивания.
Удалил белки Q6PB10_XENLA, L5LMN0_MYODS, A4HJT1_LEIBR, Q57YS3_TRYB2, C1N5L7_MICPC, V4SX75_9ROSI, V4TJ81_9ROSI, D8U9Y8_VOLCA, потому что в них было много гэпов там, где у всего выравнивания были консервативные колонки. Оставил только первую часть идентификаторов (Например из Q6PB10_XENLA оставил бы только Q6PB10). Удалил белки, длина которых не превосходила 500: A0A087TG94, A0A028JTR4, A0A0L6UQI9, UPI0006975660, C5FIT6, L7IC42, UPI000550C258, A0A0D0AMX6, A0A0L6VLX5, D8Q138, A8PUI5Дерево.
Рис.2 Собственно, дерево. На каждой ветви отмечена длина. Там, где длина ветвей равна 0 - ограничение точности.
Две ортологичные группы по KEGG представляют собой две клады в построенном дереве, причём эта ветвь есть во всех бутстреп-репликах.
Тривиальных ветвей, сильно отличающихся по длине от других тривиальных ветвей нет.