Практикум 8
GO
Отнесение белка methionine aminopeptidase, type I к терминам GO
Чтобы посмотреть на теги аннотации GO своего белка я использовал сервис AmiGO. К сожалению, в базе данных AmiGO не оказалось моего белка methionine aminopeptidase, type I из Elusimicrobium minutum Pei191, поэтому я искал его гомолог с помощью встроенного blast. E-value оказалось вполне приличным, поэтому я использовал лучшую находку.Лучшая находка: methionine aminopeptidase, type I из Dehalococcoides mccartyi 195
E-value лучшей находки: 8.2e-67
В таблице 1 представлены теги аннотации GO, ассоциированные с лучшей находкой blast и их описание (с находкой был ассоциирован 1 тег). Тег вполне согласуется с названием белка.
Таблица 1. Теги GO.
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс | GO:0006464 | cellular protein modification process | модификация белка в клетке | ISS |
Таблица 2. Коды типа достоверности.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Данный код присваивается, когда белок похож последовательностью или структурно на белок, с которым ассоциирован этот тег, причём это похожесть подтверждена человеком. |
Описание термина GO:0006464
В таблице 1 представлены некоторые характеристики термина.Таблица 1. Описание GO:0006464
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0006464 |
| Название (Name) | cellular protein modification process |
| Аспект онтологии (Ontology) | biological process |
| Синонимы (Synonyms) |
Связанные: process resulting in proteim modification, protein tagging activity Расширяющий: protein modification process |
| Определение (Definition) | Ковалентная модификация одного или более аминокислотных остатков белков, пептидов и новосинтезированных полипептидов (ко-трансляционная или пост-трансляционная), возникающая на уровне индивидуальной клетки. Термин включает также модификацию аминокислот аминоацилированных тРНК, которые направляются в рибосому, то есть пре-трансляционную модификацию |
| Комментарий (Comment) | None |
| Число родителей (из них - логически определенных) | 12 (10) |
| Число потомков (из них - логически определенных) | 64 (0) |
Рис. 1 Отношения данного тега аннотации с другими тегами. Чёрные стрелки означают, что тег, от которого идёт стрелка является уточнением тега, к которому идёт стрелка.