Практикум 1

Построение простейшего филогенетического дерева

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Escherichia coli	ECOLI
Pseudomonas aeruginosa	PSEAE
Salmonella typhimurium	SALTY
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Ralstonia pickettii	RALPJ
Neisseria meningitidis	NEIMA
Yersinia pestis	YERPE
Proteus mirabilis	PROMH

Скобочная формула дерева

((((((ECOLI, SALTY), YERPE), PROMH), PSEAE), (NEIMA, RALPJ)), BRADU);

Изображение дерева

Нетривиальные ветви

1)(ECOLI, SALTY) против (YERPE, PROMH, PSEAE, NEIMA, RALPJ, BRADU)
2)(ECOLI, SALTY, YERPE) против (PROMH, PSEAE, NEIMA, RALPJ, BRADU)
3)(ECOLI, SALTY, YERPE, PROMH) против (PSEAE, NEIMA, RALPJ, BRADU)
4)(ECOLI, SALTY, YERPE, PROMH, PSEAE) против (NEIMA, RALPJ, BRADU)
5)(ECOLI, SALTY, YERPE, PROMH, PSEAE, BRADU) против (NEIMA, RALPJ)

Практикум 2

Таксономическое положения выбранных бактерий

Bradyrhizobium diazoefficiens: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium
Ralstonia pickettii: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia
Neisseria meningitidis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Yersinia pestis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Proteus mirabilis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Proteus
Salmonella typhimurium: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Escherichia coli: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Pseudomonas aeruginosa: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group

Соответствие нетривиальных ветвей таксонам

Ветви 1 и 2 не соответсвуют разделению на таксоны
Ветвь 3 соответствует разделению на таксон Enterobacteriaceae (ECOLI, SALTY, YERPE, PROMH) и всех остальных
Ветвь 4 соответствует разделению на таксон Gammaproteobacteria (ECOLI, SALTY, YERPE, PROMH, PSEAE) и всех остальных
Ветвь 5 соответствует разделению на таксон Betaproteobacteria (NEIMA, RALPJ) и всех остальных