Практикум 1
Построение и визуализация электронной плотности белка
Для построения электронной плотности была выбрана аминопептидаза метионина 1 типа.Идентификатор PDB: 2B3L
Разрешение структуры: 1.5 ангстрема
На рисунке 1 представлена карта электронной плотности остова пептидной цепи белка, а на рисунке 2 показано, как она изменяется при изменении уровня подрезки от 1 до 3.
Рис. 1. Электронная плотность остова пептидной цепи, остов выделен синим, уровень подрезки - 1.5.
Рис. 2. Электронная плотность остова пептидной цепи при разных уровнях подрезки. Уровень подрезки указан на каждом из кадров.
Были построены электронные плотности вокруг трёх различных остатков белка - Trp353, Gly352 и Asp351. На рисунке 3 изображена электронная плотность этих остатков при уровне подрезки 1.5, а на рисунке 4 показано, как изменяется электронная плотность при изменении уровня подрезки от одного до 3.
Рис. 3. Электронная плотность трёх различных аминокислотных остатков, уровень подрезки - 1.5.
Рис. 4. Электронная плотность трёх различных аминокислотных остатков при разных уровнях подрезки. Уровень подрезки указан на каждом кадре.
На рисунке 4 видны электронные плотности пептидных связей Trp353 (сверху) и Asp351 (справа).
Заключение о соответствии атомов сгусткам ЭП: координаты атомов хорошо соответствуют сгусткам ЭП при разных уровнях подрезки, однако оптимальным кажется 1.5 стандартных отклонений, при увеличении уровня подрезки оголяются некоторые ковалентные связи между атомами, а также при уменьшении появляется больше шума.