Практикум 5

Определение вторичной структуры белка с помощью DSSP.

Для детектирования вторичной структуры был взята аминопептидаза метионина I типа, структура с pdb-идентификатором 2B3L.
Я скачал и поставил себе DSSP версии 3.0.0 (однако в выдаче он всё равно пишет, что версия 2 :D)
Выдача DSSP

Сравнение выдачи DSSP и заголовка pdb-файла

HELIX 2: в pdb-файле с SER141 по GLY164, а в выдаче DSSP с SER142 по ALA163, GLY164 отмечен как бета-поворот.
HELIX 6: в pdb-файле с ASP251 по VAL272, а в выдаче DSSP с ASP252 по ALA271.
SHEET 2B: в pdb-файле с ILE225 по ARG234, а в выдаче DSSP совершенно так же, ух ты.
SHEET 3B: в pdb-файле с TYR237 по PHE246, а в выдаче DSSP так же.

Вывод

Интересно, что разметка по альфа-спиралям не совпадает ровно по одному остатку, возможно это связано с использовавшимся определением альфа-спирали, в то время как бета-листы предсказаны так же.