Практикум 6
Поиск гидрофобных ядер с помощью онлайн-сервиса CLUD.
Поиск в белке
Я искал гидрофобные ядра в одной из субъединиц эндонуклеазы FOKL. Известно, что субъединица состоит из трёх связывающих WHD-доменов и каталитического домена.Ссылка на pdb-файл
Рис. 1. Два самых больших гидрофобных ядра (красное и синее), найденных CLUD с пороговым расстояние 5.4 ангстрема и максимальным количеством атомов в ядре - 5. Помимо этих двух было найдено ещё около десятка ядер, каждое примерно по 10 остатков, скорее всего, они не являются биологически значимыми. Интересно, что красное ядро располагается внутри каталитического домена эндонуклеазы, а синее - на месте 3-х связывающих доменов. Выглядит разумно.
Поиск в комплексе
Я взял комплекс РНК-аптамера с тромбином :) PDB-код - 3DD2.
Рис. 2. Три наибольших гидрофобных ядра в комплексе при пороге на дистанцию 4.8 ангстрема. Синее и зелёное ядра лежат в тромбине, а красное - в аптамере. Видно, что они очень сильно прилегают друг к другу, если бы белок и аптамер находились в растворе по отдельности, скорее всего, их ядра были бы больше сдвинуты к их центрам. При пороге в 5 ангстрем красное и синее ядра уже слипаются.