Практикум 7
Построение и анализ поверхностей в Pymol.
На сайте RCSB была найдена структура с идентификатором 6F0Y, полученная с помощью ЯМР, содержащая 2 цепи и 10 моделей.
Рис. 1. Поверхность комплекса на фоне cartoons (transparency=0.6).
Для каждой из моделей были посчитаны площади молекулярной поверхности и площади поверхности, доступной для растворителя. На рисунке 2 представлен график второй от первой.
Рис. 2. Кажется логичным, что поверхность, доступная для растворителя, в среднем, увеличивает свою площадь с ростом площади молекулярной повеврхности.
Рис. 3. Поверхность остатков, образующих контакты без разделения на отдельные объекты. Зелёным показана повехность цепи B, а голубым - цепи B; видно, что повехности переходят одна в другую.
Рис. 4. Поверхность остатков, образующих контакты после разделения на отдельные объекты с помощью функции extract. Видно, что теперь поверхности отделены, это лучшая визуализация.