Практикум 8
Совмещение структур с помощью PDBeFold.
Для совмещения я взял аминопептидаза метионина I типа, структуру с pdb-идентификатором 2B3L, а также 3-х её структурных гомологов, найденных по PDBeFold: 4FO8, 3IU7 и 1XGS. Выравнивал полные структуры.Вот результаты PDBeFold:
Рис. 1. Характеристики выравнивания PDBeFold.
Выравнивание по PDBeFold
Совмещённые структуры
Построил выравнивание этих же последовательностей с помощью ProbCons с параметрами по умолчанию. Выравнивание получилось почти такое же, см. рисунок 2.
Рис. 2. Сверху - выравнивание ProbCons, снизу - PDBeFold.
Проект JalView с двумя выравниваниями
Однако между ними всё-таки были незначительные различия, например, см. рисунок 3.
Рис. 3. Сверху - выравнивание ProbCons, снизу - PDBeFold. ProbCons выравнял аргинин в четвёртой последовательности, это подняло вес выравнивания, однако по PDBeFold там аспарагин.
Я проверил структуру и, похоже, PDBeFold оказался прав, потому что и окружение, и даже изгибы петель совпадают. Интересно, что в первой последовательности на этом месте глицин, что даёт возможность разместить её длинный хвост там, где у других объёмные аргинины, см. рисунок 4.
Рис. 4 Совмещённые структуры с вышеупомянутыми остатками.
Совмещение доменов в Pymol по соответсвию остатков, заданному вручную
Домен альфа-цепи: pdb-структура 2AK4, 117-206 цепи D.Домен бета-цепи: pdb-структура 1QRN, 119-246 цепи E.
Рис. 5 Карта бета-листов домена альфа-цепи.
Рис. 6 Карта бета-листов домена бета-цепи.
Команды для pair_fit:
select alpha, dom1 and chain D and resi 126+127+128+138+139+140+179+180+181+159+160+161 and name CA
select beta, dom2 and chain E and resi 128+129+130+146+147+148+193+194+195+173+174+175 and name CA
pair_fit alpha, beta
Рис. 7 Совмещённые структуры доменов, фиолетовым показан домен альфа-цепи, а жёлтым - бета.