1Описание семейства доменов
Выбранный домен - PF00167 (Fibroblast growth factor)
Факторы роста фибробластов
| Таблица | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF00167 |
| ID pfam | Fibroblast growth factor |
| #SEED | 46 |
| #All | 24000 |
| #SW | 108 |
| #architectures | 110 |
| #3D | 172 |
| Taxonomy | 4k |
| #eukaryota | 24334 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 1 (Escherichia coli) |
Факторы роста фибробластов — это семейство белков, которые регулируют рост и дифференцировку клеток в самых разных биологических процессах. Они обнаружены у различных организмов — от нематод до человека [1].
Большинство белков этого семейства имеют общую внутреннюю консервативную область с высоким уровнем сходства; консервативные остатки в этой области участвуют во взаимодействии с рецепторами. При связывании с рецептором факторы роста фибробластов индуцируют димеризацию тирозинкиназных рецепторов, что приводит к запуску внутриклеточного сигналинга.
Функции ФРФ:
- в процессах развития включают дифференцировку мезодермы, развитие конечностей и развитие нервной системы;
- в зрелых тканях и системах — ангиогенез и процессы заживления ран.
ФРФ играют критическую роль в нормальном развитии как позвоночных, так и беспозвоночных, а любые нарушения их функции приводят к появлению пороков развития.
2Выравнивание белковых доменов (seed)
| Таблица 11-3 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей: 46 Число колонок: 172 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 60-71 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-All | 60:[LIV] (45 из 46), 62:[LIV] (44 из 46), 67:[ST] (38 из 46), 70:[YF], 70:[LIVM] |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Последовательности: 16-46 Колонки: 99-113 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 101:[E], 108:[YQ], 111:[YF], 113:[S] |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 35-59 |
3Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
| Таблица 11-5 | Информация |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF00167 |
| Белок с архитектурой 1 | P03969 |
| доменная архитектура 2 | PF00167 - PF00443 |
| Белок с архитектурой 2 | A0A0V0RWE1 |
Карта локального сходства представляет собой диагональную линию, на которой видно 3 небольших разрыва, соответствующих 3 одиночным гэпам, присутствующим в выравнивании.