Выбор белка
Для того, чтобы выбрать проверенные Swiss-Prot белки, принадлежащие бактерии вида Desulfotalea Psychrophila, были использованы следующие команды: organism_id:177439 and reviewed:true. Всего был найден 321 результат. Выбранным для анализа белком стал бифункциональный фермент GlmU, который катализирует две последовательные реакции в биосинтетическом пути образования UDP-N-ацетилглюкозамина. Данный белок обладает хорошей аннотированностью, а также интересен тем, что принимает участие в построении клеточной стенки бактерии и является бифункциональным.
Информация о белке
Для дальнейшего изучения белка был получен файл, содержащий основную информацию о нем, через download -> Format Text. Запись белка хорошо аннотирована, оценка адаптации 4/5. Данный белок состоит из 339 аминокислотных остатков и, согласно информации, приеденной в базе, катализирует две последние последовательные реакции в пути биосинтеза UDP-N-ацетилглюкозамина (UDP-GlcNAc) de novo. С-концевой домен катализирует перенос ацетильной группы от ацетилкофермента А к глюкозамин-1-фосфату (GlcN-1-P) с образованием N-ацетилглюкозамин-1-фосфата (GlcNAc-1-P), который превращается в УДФ-GlcNAc путем переноса уридин-5-монофосфата (из уридин-5-трифосфата). Эта реакция катализируется N-концевым доменом.
Кластеры похожих белков
Все кластеры UniRef: UniRef100, UniRef90, UniRef50 содержат по одной записи - то есть в каждом кластере находится только сам изучаемй белок. Данное наблюдение может свидетельствовать об уникальности белка, то есть о том, что данный белок специфичен для узкой таксономической группы, либо о том, что гомологи белка еще не быи изучены и информации о них нет в базе.
Поисковые запросы
- domain:"NTP_transferase" AND length:300-400 - 228547 результата. Данный запрос подтверждает функциональную консервативность. Наличие этого домена у белка согласуется с его функцией: уридилтрансферазная активность. Также, вероятно, рассматриваемый белок является типичным по длине среди белков, обладающих данным доменом.
- (organism_id:177439) AND (keyword:"Multifunctional enzyme") - 22 результата. Данный запрос подтверждает наличие в бактерии Desulfotalea Psychrophila белков, являющихся мультифункциональными ферментами.
- taxonomy_id:111830 AND length:[320 TO 360] - 469 результата. Можно сделать вывод, что длина белка, которой обладает бифункциональный фермент GlmU, является распространенной для белков рассматриваемого организма.