7A2H

Human protein kinase

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
1 N(143LYS)-O(139TYR) 3.01 147.8
2 N(140GLU)-O(136PHE) 2.99 157.9
3 N(145LEU)-O(141LEU) 3.05 157.5
Бета-тяжи
1 N(49GLY)-O(52SER) 2.88 163.9
2 N(58ILE)-O(41GLN) 2.88 154.5
3 N(46LEU)-O(54VAL) 2.78 168.7

Вывод

Значения длин связей, приведённые в таблице довольно близки к средним значениям водородных связей, наблюдаемых в белках (около 3Å). Значения углов находятся в пределах от 100° до 180°, что также удовлетворяет определению водородной связи.

Источники

J.K. Myers, C.N. Pace, Hydrogen bonding stabilizes globular proteins, Biophysical Journal, Volume 71, Issue 4, 1996, Pages 2033-2039, ISSN 0006-3495, https://doi.org/10.1016/S0006-3495(96)79401-8.

Arunan, Elangannan, Desiraju, Gautam R., Klein, Roger A., Sadlej, Joanna, Scheiner, Steve, Alkorta, Ibon, Clary, David C., Crabtree, Robert H., Dannenberg, Joseph J., Hobza, Pavel, Kjaergaard, Henrik G., Legon, Anthony C., Mennucci, Benedetta and Nesbitt, David J.. "Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)" Pure and Applied Chemistry, vol. 83, no. 8, 2011, pp. 1637-1641. https://doi.org/10.1351/PAC-REC-10-01-02/p>