Задание 2¶
Для рассмотрения я выбрал А-форму ДНК. В MarvinSketch было полено изображение тимина, и по структуре А-ДНК были определены аттомы смотрящие в сторону большой бороздки (покрашены красным) и в сторону малой (покрашены синим).
Для рассмотрения я выбрал А-форму ДНК. В MarvinSketch было полено изображение тимина, и по структуре А-ДНК были определены аттомы смотрящие в сторону большой бороздки (покрашены красным) и в сторону малой (покрашены синим).
В сторону большой бороздки обращены атомы: N1, C2, O2. В сторону малой бороздки обращены атомы: C4, O4, C5, C7.
Затем были изучены экспериментальные структуры всех форм ДНК (для Z-формы была использована смоделированная структура, так как фрагмент, полученный экспериментальными данными, был слишком коротким).
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 30.9 | 36.7 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 14.2 (2:A.P-6:B.P) | 19.6 (2:A.P-18:B.P) | 14.4 (24:B.P-11:A.P) |
| Ширина малой бороздки | 16.7 (6:B.P-13:A.P) | 10.6 (18:B.P-12:A.P) | 29.2 (11:A.P-36:B.P) |
С помощью программ пакета 3DNA были определены параметры различных структур нуклеиновых кислот. В файлах ХХХХ.out приведены описание водородных связей, значения всех торсионных углов, ширину малой и большой бороздки. Сравнивая значения торсионных углов для А-, B-, Z-формы Днк и тРНК, можно увидеть, что тРНК по строению в наибольшей степени напоминает А-форму ДНК (файлы можно скачать по ссылкам).
В том же файле 1i9v_old.out находится информация о структуре водородных связей между основаниями:
Strand I Strand II Helix
1 (0.010) ....>A:...1:[..G]G-----C[..C]:..72:A<.... (0.013) |
2 (0.011) ....>A:...2:[..C]C-----G[..G]:..71:A<.... (0.010) |
3 (0.018) ....>A:...3:[..G]G-----C[..C]:..70:A<.... (0.008) |
4 (0.014) ....>A:...4:[..G]G-**--U[..U]:..69:A<.... (0.006) |
5 (0.018) ....>A:...5:[..A]A-----U[..U]:..68:A<.... (0.008) |
6 (0.009) ....>A:...6:[..U]U-----A[..A]:..67:A<.... (0.006) |
7 (0.013) ....>A:...7:[..U]U-----A[..A]:..66:A<.... (0.017) |
8 (0.017) ....>A:..49:[..C]C-----G[..G]:..65:A<.... (0.021) |
9 (0.009) ....>A:..50:[..U]U-----A[..A]:..64:A<.... (0.012) |
10 (0.013) ....>A:..51:[..G]G-----C[..C]:..63:A<.... (0.010) |
11 (0.007) ....>A:..52:[..U]U-----A[..A]:..62:A<.... (0.023) |
12 (0.012) ....>A:..53:[..G]G-----C[..C]:..61:A<.... (0.008) |
13 (0.004) ....>A:..54:[5MU]t-**--A[..A]:..58:A<.... (0.016) x
14 (0.020) ....>A:..36:[..A]A-**--U[..U]:..33:A<.... (0.011) |
15 (0.018) ....>A:..38:[..A]A-**--C[..C]:..32:A<.... (0.004) |
16 (0.014) ....>A:..40:[..C]C-----G[..G]:..30:A<.... (0.015) |
17 (0.008) ....>A:..41:[..U]U-----A[..A]:..29:A<.... (0.014) |
18 (0.008) ....>A:..42:[..G]G-----C[..C]:..28:A<.... (0.009) |
19 (0.011) ....>A:..43:[..G]G-----C[..C]:..27:A<.... (0.014) |
20 (0.018) ....>A:..44:[..A]A-**--G[..G]:..26:A<.... (0.013) |
21 (0.005) ....>A:..10:[..G]G-----C[..C]:..25:A<.... (0.004) |
22 (0.021) ....>A:..11:[..C]C-----G[..G]:..24:A<.... (0.014) |
23 (0.019) ....>A:..12:[..U]U-----A[..A]:..23:A<.... (0.013) |
24 (0.011) ....>A:..13:[..C]C-----G[..G]:..22:A<.... (0.020) |
25 (0.020) ....>A:..14:[..A]A-**--U[..U]:...8:A<.... (0.015) |
26 (0.019) ....>A:..15:[..G]G-**+-C[..C]:..48:A<.... (0.009) x
27 (0.048) ....>A:..19:[..G]G-----C[..C]:..56:A<.... (0.014) +
Судя по полученным данным, стебли образуют нуклеотиды под номерами: 1-7 и 72-66; 49-53 и 65-61; 40-44 и 30-26; 10-13 и 25-22.
Неканонические пары:
4.G-69.U;
54.t-58.A;
36.A-33.U;
38.A-32.C;
44.A-26.G;
14.A-8.U;
15.G-48.C
Дополнительные водородные связи в тРНК:
54.t-58.A;
36.A-33.U;
38.A-32.C;
14.A-8.U;
15.G-48.C;
19.G-56.A
Изображения стекинг-взаимодействий для пар с наибольшим перекрыванием.
