Нуклеотидные банки данных

Описание сборки генома эукариотического организма

Организм - Ara ararauna (Сине-жёлтый ара) - одни из самых красивых попугаев. Живут в тропических лесах. Имеют громкий и резкий голос. Не образуют стаи, живут поодиночке или попарно.
Число сборок генома - 1
Название - ASM1001480v1
AC (GenBank) - GCA_010014805.1
Уровень сборки - скэффолд
Общая длина последовательности - 1,128,178,780
Число контигов - 71,405
Контиг N50 - 128,137
Контиг L50 - 541
Число скэффолдов - 70,001
Скэффолд N50 - 2,859,019
Скэффолд L50 - 9
Публикация - DOI: 10.12688/f1000research.25560.1
Последовательность одного из контигов - JAAAKF010069701.1

*Рис.1 Сине-желтый ара (User:Benjamint444, https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Blue-and-Yellow-Macaw.jpg)*

CDS вируса

Поисковой запрос - Siphoviridae[ORGANISM] AND 20000:30000[SLEN] AND "complete genome"[All Fields]
Количество находок в базах данных: 314(GenBank), 165(RefSeq)
AC выбранного генома - NC_055018
Латинское название - Lactococcus phage PC_S1
TaxID - 2675265
Тип генома - linear dsDNA
Хозяин - Lactococcus lactis PC_S1 (Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Siphoviridae; Ceduovirus; Lactococcus virus PCS1.)
Участки генома (CDS) ("Send to" > "Coding Sequences" > "FASTA Nucleotide")

Ключи таблицы локальных особенностей

tRNA(AC:BA000007) - участок, кодирующий тРНК

tRNA            complement(2614224..2614310)
                     /gene="leuZ"
                     /locus_tag="ECs_R0066"
                     /product="tRNA-Leu"
                     /note="anticodon: taa"

CDS(AC:BA000007) - участок, кодирующий белок.

CDS             190..273
                     /gene="thrL"
                     /locus_tag="ECs_0001"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="thr operon leader peptide"
                     /protein_id="BAB33424.1"
                     /translation="MKRISTTITTTITTTITITITTGNGAG"

tmRNA(AC:NZ_CP020572) - участок, кодирующий тмРНК; сначала выступает в роли тРНК, затем как мРНК, которая кодирует пептидную метку. Рибосома транслирует эту область мРНК и прикрепляет закодированную пептидную метку к С-концу незавершенного белка.

tmRNA           60603..>60786
                     /gene="ssrA"
                     /locus_tag="B6246_RS00400"
                     /product="transfer-messenger RNA"
                     /inference="COORDINATES: nucleotide
                     motif:Rfam:14.4:RF00023"
                     /inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: cmsearch."
                     /db_xref="RFAM:RF00023"

rRNA(AC:AL009126) - участок, кодирующий тРНК

rRNA            11709..14636
                     /gene="rrnO-23S"
                     /locus_tag="BSU_rRNA_2"
                     /product="ribosomal RNA-23S"
                     /note="Evidence 1a: Function from experimental evidences
                     in the studied strain; Product type n: RNA"
                     /function="16.2: Construct biomass (Anabolism)"

misc_RNA(AC:AL009126) - участок, кодирующий транскрипт или РНК-продукт, который не может быть идентифицирован, как другие РНК.

misc_RNA        20611..20823
                     /gene="tboS"
                     /locus_tag="BSU_misc_RNA_1"
                     /product="T-box riboswitch specific of serine tRNA ligase"
                     /experiment="publication(s) with functional evidences,
                     PMID:1317842,9098041,12165569,12547201"
                     /note="Evidence 1a: Function from experimental evidences
                     in the studied strain; PubMedId: 1317842, 9098041,
                     12165569, 12547201; Product type n: RNA"
                     /function="16.3: Control"