NPG-explorer
Штаммы бактерий
Для данного задания я выбрал следующие штаммы вида Flavobacterium psychrophilum, содержащие по одной кольцевой хромосоме (в скобках - AC последовательности):
- PG2 (CP010276.2)
- MH1 (CP010275.2)
- VQ50 (CP010277.2)
- F164 (CP059077.1)
Запуск программы
Входной файл - genomes.tsv,
npge -g npge.conf
npge Prepare
npge Examine
npge MakePangenome &> log_make
npge PostProcessing &> log_post
Основные выходные файлы: log_make, nj-global-tree.tre, pangenome.bs, pangenome.bi, pangenome.info, mut.tsv, consensuses.fasta, features.bs.
Cтабильное ядро нуклеотидного пангенома
- Число s-блоков: 208
- Размер нуклеотидного ядра (процент нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во всех геномах): 92.59%
- Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков: 99.8935%
Крупная делеция участка ДНК
Для каждого из геномов были найдены самые крупные делеции. Для этого в файле pangenome.bi были найдены h3-блоки наибольшей длины, отсутвующие в разных штаммах. Информация о делециях приведена в следующей таблице:
| Таблица 1. Крупные делеции | |||
|---|---|---|---|
| Штамм | Имя блока | Длина делеции | Делетированные гены |
| F164 | h3x3440 | 3440 | 1805 CDS IY37_01330 hypothetical protein (MH1), 684 bp > 212 CDS IY38_01330 hypothetical protein (PG2), 927 bp > 4247 CDS IY39_01335 hypothetical protein (VQ50), 927 bp > |
| MH1 | h3x1036 | 1036 | 7086 CDS H0H29_03555 hypothetical protein (F164), 1242 bp < 8747 CDS IY38_03215 hypothetical protein (PG2), 1242 bp < 4602 CDS IY39_03200 hypothetical protein (VQ50), 1242 bp < |
| PG2 | h3x594 | 594 | - |
| VQ50 | h3x380 | 380 | 8105 CDS H0H29_08650 hypothetical protein (F164), 507 bp < 3626 CDS IY37_10770 hypothetical protein (MH1), 507 bp < 1188 CDS IY38_10775 hypothetical protein (PG2), 411 bp < |
Во все самые крупные делеции не попали участки кодирующие жизненно важные белки, что было вполне ожидаемо.
Перестановки синтений (g-блоков)
С помощью команды qnpge было визуализировано расположение блоков. Были найдены приведенные на рисунке 1 перестановки g-блоков. У штамма F164 изменили положение блоки g4x190978, g4x174868, g4x769681. Видно, что для F164 характерно большее, по сравнению с остальными штаммами, число крупных эволюционных событий, из-за чего можно предположить, что остальные три штамма более родственны друг другу, чем F164.