В данном задании я решил проанализировать ACER1 из данного мне списка в базе данных (БД) Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). KEGG - БД, включающая в себя описание генов, белков, различных метаболических путей, молекулярных взаимодействий, биохимических реакций. Чтобы получить общую информацию по гену и ссылки на более детальную информацию, я просто забиваю название своего гена на главной странице сайта (можно сразу искать что-то конкретное, например, вхождение в метаболические пути, но, чтобы посмотреть побольше возможностей БД, посмотрим что нам предлагают при общем описании гена).
Мы видим таблицу с общим описанием гена: его название, название группы ортологов (KEGG Orthology, KO), организм; метаболические пути, в которых участвует продукт этого гена; классификация ферманта (продукта гена) и др. Справа мы видим ссылки на более детальную информацию, касающуюся ген/продукт гена. Рассмотрим некоторые из них.
Перейдя по ссылке KEGG PATHWAY, можно увидеть 3 метаболический путя, в которых принимает участие фермент - продукт нашего гена. Один из них (метаболизм сфинголипидов) представлен на рисунке снизу. Можно увидеть информацию о различных других ферментах, принимающих участие в этом же пути, продукты различных реакций. Наш фермент помечен красным цветом.
Перейдя по OMIM (DESEASES) можно почитать о медицинской значимости гена. В KEGG compound можно посмотреть на вещества, с которыми взаимодействует фермент. В Chemical Reaction можно получить информацию о классе и функции фермента (KEGG ENZYME) и о реакции, катализируемой ферментом (KEGG REACTION). Далее приведена более подробная информация о самом гене/белке (в том числе из других БД).