| |
|
|
1. Поиск нужного термина в словарях GO
Мне задано описание локализации белка - митохондриальная цепь переноса
электронов. На главном сайте консорциума GO,
http://www.geneontology.org ,
ввела в поиск как "термин GO или ID" фразу, отвечающую, на мой взгляд,
заданию - "mitochondrial electron transport chain". Был найден именно этот
термин.
Результаты данного задания:
- заданное описание локализации - митохондриальная цепь
переноса электронов
- выбранный термин GO - mitochondrial electron transport chain,
и его идентификатор - GO:0005746
- название онтологии GO - cellular component, и его перевод на русский -
клеточный компонент
- определение термина:
Комплексы белков, образующие митохондриальную цепь переноса электронов
(дыхательную цепь). Комплексы I, III и IV, будучи встроенными
в неповрежденную клеточную мембрану, например, во внутреннюю мембрану митохондрий,
могут транспортировать протоны. [source: ISBN:0198547684]
2. Описание функции белка CUER_ECOLI с помощью GOA
На главной страничке БД GOA ввела в поле запроса AC UniProt
заданного мне белка - P0A9G4 (белок CUER_ECOLI).
По данным GOA в таблице ниже описана функция этого белка.
| |
Онтология GO (имя) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
| Где? |
Клеточный компонент (component) |
1 |
Внутри клетки, в цитоплазме |
| Зачем, для чего? |
Биологический процесс (process) |
3 (4 ссылки) |
Транскрипция; регуляция транскрипции, ДНК-зависимая; положительная регуляция
транскрипции (инициация и активизация транскрипции) |
| Молекулярный механизм? |
Молекулярная функция (function) |
6 (8 ссылок) |
Связывается с ДНК, ионом, металла (в частности - меди), белком;
фактор регуляции транскрипции; активатор транскрипции |
| Специфичность? |
- |
- |
По данным GO белок не обладает специфичностью связывания с ДНК. Однако
функциональным лигандом этого белка является ион меди Cu+1, что и
обеспечивает специфичность. |
Почти все данные получены по результатам электронной аннотации (IEA). Только
одна ссылка в разделе о молекулярной функции белка дана с указанием на IPI -
данные выведены как следствие опыта.
3. Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)
Протеом Mus musculus. Результаты поиска в UniProt, 20.03.2007 г.
| |
Количество записей |
Запрос |
| Всего (поиск по всему протеому Mus musculus) |
65321 |
(([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO |
14461 |
((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]))
|
| В том числе в митохондриальной цепи переноса электронов |
37 |
((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*mitochondrial electron transport chain*]) )
|
| В том числе только
с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) |
0 |
(((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:0005746*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*])) & ((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA*]) ! [uniprot-DBxref_:IC*]) ! [uniprot-DBxref_:ND*])) |
| В том числе те, у которых встречается хотя
бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) |
1 |
(((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:0005746*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*])) & ([uniprot-DBxref_:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*])) |
Общий объем данных, найденных по всему протеому домовой мыши достаточно велик.
В базе данных GO описано хотя бы по одной онтологии 22,14% объема всей выборки.
Я думаю, это средний результат, то есть ни много и ни мало.
А вот митохондриальная цепь переноса электронов в выборке как локализация представлена
крайне редко, сокращая выборку до 0,05% (!) от первоначальной. И найдена лишь
одна запись с хотя бы одним лучшим доказательством (а именно IDA).
В целом, протеом Mus musculus представлен достаточно широко (хотя, конечно, несравнимо
со многими бактериальными протеомами). Но белки митохондриальной цепи
переноса электронов составляют лишь небольшую часть всех описанных в этом протеоме.
Вероятно, в силу самой функции этих белков.
©Лозиер Екатерина
|