- Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
MKKV , SKIVR - Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
- Вес совпадения = 2
- Вес замены = -1
- Штраф за делецию = -2
- Картинка с матрицей переходов:
- Выравнивание,соответствующее оптимальному пути:
M K K V — S K I V R - Вес оптимального пути = 0
Локальное выравнивание.
- Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
MKKVVTVCP , KKVCP
- Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
- Вес совпадения = 2
- Вес замены = -1
- Штраф за делецию = -2
- Картинка с матрицей переходов:
- Выравнивания,соответствующие оптимальным путям:
K
K
V
K
K
V
Вес пути равен 6.
-
V
C
P
V
C
P
Вес пути равен 6.
- Как видно,веса и длины этих выравниваний одинаковы,поэтому среди них невозможно выделить оптимальное и субоптимальное.
Влияние параметров на глобальное выравнивание.
- Параметры первого выравнивания:
- Программа,с помощью которой построено выравнивание:Needle
- Штраф за открытие делеции:1
- Штраф за продолжение делеции:1
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62 (выбрана по умолчанию)
- Первое выравнивание:
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTNNVDCCARVCHGPSVAGLHQ 150
||||||||| || | | | .
thirdprot 1 KFARAVIGT-NV----R-----S---L-T 15
FDHF_ECOLI 151 SVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKIIV 200
|: || :
thirdprot 16 SL---AM---L 20
FDHF_ECOLI 201 CDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASRTE 250
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 251 GFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMGVT 300
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 301 QFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALPDT 350
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 351 YPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAAYI 400
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 401 MGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSWGE 450
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 451 HEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNTQE 500
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 501 IWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKFDT 550
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 551 PNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAALAA 600
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 601 LADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKGAI 650
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 651 YMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYVID 700
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 701 EYNKLKTRLREAALA 715
thirdprot 21 20
- Результаты первого выравнивания:
- Длина глобального выравнивания: 715
- Идентичность: 17/715 ( 2.4%)
- Сходство: 19/715 ( 2.7%)
- Число гэпов: 695/715 (97.2%)
- Вес выравнивания: 61.0
- Параметры второго выравнивания:
- Программа,с помощью которой построено выравнивание:Needle
- Штраф за открытие делеции:10
- Штраф за продолжение делеции:1
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62 (выбрана по умолчанию)
- Второе выравнивание:
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTN--NVDCCARVCHGPSVAGL 148
|||||||||| ::...|.:
thirdprot 1 KFARAVIGTNVRSLTSLAML 20
FDHF_ECOLI 149 HQSVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKI 198
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 199 IVCDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASR 248
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 249 TEGFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMG 298
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 299 VTQFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALP 348
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 349 DTYPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAA 398
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 399 YIMGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSW 448
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 449 GEHEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNT 498
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 499 QEIWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKF 548
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 549 DTPNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAAL 598
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 599 AALADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKG 648
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 649 AIYMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYV 698
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 699 IDEYNKLKTRLREAALA 715
thirdprot 21 20
- Результаты второго выравнивания:
- Длина глобального выравнивания:717
- Идентичность: 11/717 ( 1.5%)
- Сходство: 14/717 ( 2.0%)
- Число гэпов:699/717 (97.5%)
- Вес выравнивания: 41.0
- Выводы:
Проанализируем первое выравнивание.Здесь штрафы за открытие и за продолжение делеции равны между собой и относи-
тельно малы.Поэтому для достижения основной цели - максимального веса выравнивания - алгоритму программы Needle
предпочтительно искать идентичные аминокислотные остатки (17 идентичных остатка из 20),не учитывая число и про-
тяженность поставленных гэпов.Однако ограничения в числе гэпов при данных параметрах все-таки есть,поскольку пра-
вильного выравнивания не получилось(там нужно поставить подряд около 180 гэпов).Думается,что максимальное число
гэпов в этом случае зависит от количествааминокислотных остатков во второй последовательности(в первом выравни
TNNV TNNV
вании число гэпов ровно 20).Также можно заметить,что участок | || при данных параметрах можно заменить на || |
T-NV TN-V
без уменьшения веса и такое выравнивание будет ближе к правильному.Это подтверждает,что Needle строит именно
глобальное выравнивание.
Стратегия второго выравнивания (штраф за начало делеции = 10 ,за продолжение = 1) направлена на уменьшение числа
открытия делеций.Как результат - меньшая идентичность аминокислотных остатков (11 из 20) и всего одна делеция.
Как видно,второе выравнивание тоже далеко от правильного.Это произошло потому,что ставить вторую вставку на ее
правильное место,увеличив число гэпов примерно до 180,невыгодно(прибавятся веса 9 совпадений,но отнимется гораздо
больший вес 180 гэпов.Получить правильное выравнивание становится возможно при сильном уменьшении штрафа за продол-
жение делеции.Например,правильное выравнивание получится при следующих параметрах: -gapopen 10 -gapextend 0.1.
На главную страницу второго семестра
MKKVVTVCP , KKVCP
- Вес совпадения = 2
- Вес замены = -1
- Штраф за делецию = -2
K K V K K V Вес пути равен 6. -
V C P V C P Вес пути равен 6.
- Программа,с помощью которой построено выравнивание:Needle
- Штраф за открытие делеции:1
- Штраф за продолжение делеции:1
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62 (выбрана по умолчанию)
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTNNVDCCARVCHGPSVAGLHQ 150
||||||||| || | | | .
thirdprot 1 KFARAVIGT-NV----R-----S---L-T 15
FDHF_ECOLI 151 SVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKIIV 200
|: || :
thirdprot 16 SL---AM---L 20
FDHF_ECOLI 201 CDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASRTE 250
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 251 GFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMGVT 300
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 301 QFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALPDT 350
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 351 YPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAAYI 400
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 401 MGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSWGE 450
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 451 HEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNTQE 500
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 501 IWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKFDT 550
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 551 PNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAALAA 600
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 601 LADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKGAI 650
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 651 YMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYVID 700
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 701 EYNKLKTRLREAALA 715
thirdprot 21 20
- Длина глобального выравнивания: 715
- Идентичность: 17/715 ( 2.4%)
- Сходство: 19/715 ( 2.7%)
- Число гэпов: 695/715 (97.2%)
- Вес выравнивания: 61.0
- Программа,с помощью которой построено выравнивание:Needle
- Штраф за открытие делеции:10
- Штраф за продолжение делеции:1
- Матрица аминокислотных замен: EBLOSUM62 (выбрана по умолчанию)
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100
thirdprot 1 0
FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTN--NVDCCARVCHGPSVAGL 148
|||||||||| ::...|.:
thirdprot 1 KFARAVIGTNVRSLTSLAML 20
FDHF_ECOLI 149 HQSVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKI 198
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 199 IVCDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASR 248
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 249 TEGFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMG 298
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 299 VTQFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALP 348
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 349 DTYPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAA 398
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 399 YIMGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSW 448
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 449 GEHEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNT 498
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 499 QEIWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKF 548
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 549 DTPNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAAL 598
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 599 AALADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKG 648
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 649 AIYMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYV 698
thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 699 IDEYNKLKTRLREAALA 715
thirdprot 21 20
- Длина глобального выравнивания:717
- Идентичность: 11/717 ( 1.5%)
- Сходство: 14/717 ( 2.0%)
- Число гэпов:699/717 (97.5%)
- Вес выравнивания: 41.0
Проанализируем первое выравнивание.Здесь штрафы за открытие и за продолжение делеции равны между собой и относи-
тельно малы.Поэтому для достижения основной цели - максимального веса выравнивания - алгоритму программы Needle
предпочтительно искать идентичные аминокислотные остатки (17 идентичных остатка из 20),не учитывая число и про-
тяженность поставленных гэпов.Однако ограничения в числе гэпов при данных параметрах все-таки есть,поскольку пра-
вильного выравнивания не получилось(там нужно поставить подряд около 180 гэпов).Думается,что максимальное число
гэпов в этом случае зависит от количествааминокислотных остатков во второй последовательности(в первом выравни
TNNV TNNV
вании число гэпов ровно 20).Также можно заметить,что участок | || при данных параметрах можно заменить на || |
T-NV TN-V
без уменьшения веса и такое выравнивание будет ближе к правильному.Это подтверждает,что Needle строит именно
глобальное выравнивание.
Стратегия второго выравнивания (штраф за начало делеции = 10 ,за продолжение = 1) направлена на уменьшение числа
открытия делеций.Как результат - меньшая идентичность аминокислотных остатков (11 из 20) и всего одна делеция.
Как видно,второе выравнивание тоже далеко от правильного.Это произошло потому,что ставить вторую вставку на ее
правильное место,увеличив число гэпов примерно до 180,невыгодно(прибавятся веса 9 совпадений,но отнимется гораздо
больший вес 180 гэпов.Получить правильное выравнивание становится возможно при сильном уменьшении штрафа за продол-
жение делеции.Например,правильное выравнивание получится при следующих параметрах: -gapopen 10 -gapextend 0.1.