Описание структуры VirB4

(ID protein: 4AG6)

Структура белка

Представленная структура представляет собой полипептидную цепочку, то есть мономерный белок. Иногда VirB4 димеризуется и образует гомодимер, но в целом, биологическую единицу входит одна полипептидная цепь.[1]
Белок формирует два домена: α-/β-домен и домен из 4 α-спиралей.
α-/β-домен содержит большой параллельный β-лист, состоящий из β-цепей β3−β9, зажатых между спиралями α1, α2 и α7−α11, которые резко поворачивают и образуют четыре дополнительные антипараллельные β-цепи β10, β11, β1 и β2. Домен из 4 альфа-сиралей включает спирали α3, α4, α5, α6.

Рис1. На рисунке А изображена ассиметрическая сборка, на рисунке В изображена биологическая сборка (димер). На рисунке С белок окрашен по типу вторичной структуры: для одного мономера фиолетовый - β-листы, голубой - α-спирали, розовый - неупорядоченная структура, для второго мономера соотвественно желтый, красный, зеленый.

Описание аминокислотной последовательности

VirB4 - белок cистемы секреции IV типа (T4S), которая обеспечивает перенос белков и ДНК через клеточную оболочку бактерий. Именно VirB4 выполняет функцию передачи энергии ATP, имея 6 сайтов связывания ATP и 3 сайта связывани Mg2+.
В белке 4 варианта аминокислотных последовательностей, они принадлежит бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus. Каждый вариант идентичен референсу из Uniprot (ID: B0KAW2) и имеет длину 392 аминокислоты.
Название из базы данных Uniprot: Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein.
Все варианты аминокислотных последовательностей различаются лишь расположением малых молекул и модифицированных оснований, а также аминокислотами, структуу которых получилось расшифровать.
Модифицированные аминокислотные остатки представляют собой селенометионины. Их расположение можно посмотреть тут.
В приложенном файле, последовательно:

Малые молекулы


Малая молекула Краткое наименоване Полное наименование Примечание
Сульфат-ион SO4 SULFATE ION Был добавлен в ходе установления структуры, в качестве буфера и поддерживающего структуру вещества
Вода HOH - Не обходима в поддержании сруктуры белка в естественных условиях, также участвует в координации ATP и Mg2+

Рассмотрим расположение одной малой молекулы (а именно одной молкулы сульфат-иона) подробней:

Рис2. Изображен сульфат-анион (SO4), в окружении атомов, находящихся не далее 5 ангстрем. Подписаны аминокислотные остатки и указаны их номера, одиночные красные сферы - вода.

Посмотреть координаты малых молекул можно здесь.

Литература

  1. Structure of the VirB4 ATPase, alone and bound to the core complex of a type IV secretion system.