Химическое строение нуклеиновых кислот

Задание 1

Из-за невозможности сделать окна в пробной версии MarvinSketch оба окна перенесены в одно и помещены в папке, указанной в задании.

C помощью программы MarvinSketch были изображены 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат, уридин, псевдоуридин.

Рис 1. Изображение нуклеотидов

Задание 2

С помощью той же программы был изображен фрагмент цепи ДНК.

Рис 2. фрагмент цепи ДНК.

Задание 2

Также, с помощью MarvinSketch я изобразил каноническую пару А-Т и еще 8 предложенных мной (рис 3).

Рис 3. Первый столбец: разные варианты А-Т (см. текст). Второй столбец (сверху вниз): T-G, T-T, T-C. Третий столбец (сверху вниз): таутомеры T c A (верхняя пара и по середине) и G.
Волнистой линией указано крепление к сахарнофосфатному остову.

Помимо канонической пары А-Т, А и Т, можно предположить, что могут взаимодействовать так, как изображено на первых парах второй и третьей строки рис. 3. Только вторая это параллельное направление, поэтому вряд ли встречается в ДНК, а вот аденин в первой паре третьей строки обладает возможность образовать еще одну связь (уже каноническую) с другим тимином, следовательно может образоваться тройная спираль.

Во втором столбце представлены связи тимина с другими азотистыми основаниями - G, Т, C. Возможно из-за смещения гуанина относительно сахарнофосфатного остова эта связь будет не прочной, а связи двух пиримидонов вряд ли встречаются в ДНК, поэтому это может встретится, наверное, лишь во вторичных структурах РНК.

В третьем столбце представлены возможные пары уже другой татутомерной формы тимина. Верхняя похожа на первую из второй строки, тоже в другой конформации аденина (транс-). Во второй паре связь может стабилизироваться аденином, связанным с тимином также, как и в первой паре третьей строки, но тогда тройная спираль будет по другому закрученна или будет иметь другую конформацию. А в третьей паре третьей строки пара T-G очень напоминает пару GC, можно предположить, что она будет устойчивой.