Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев

Для удобства я привожу дерево видов (рис. 1), полученное в практикуме 1

Рис 1. Дерево видов


Деревья, построенные программой fastme и оценкой эволюционных расстояний p-distance и MtREV, практически не отличаются (отличаются длиной ветвей).
Эти деревья отлчиаются от дерева видов тем, что Tupaia glis (TUPGL) ближе к Dendrogale melanura (DENME), а не к Tupaia belangeri (TUPBE) и, второе, Arctogalidia trivirgata (ARCTR) является сестринским ко всем остальным рассматриваемым Виверровым (Viverricula indica (VIVIN), Viverra zibetha (VIVZI), Paguma larvata (PAGLA)), а не сестринской ветвью к Paguma larvata (PAGLA) (рис. 2)

Рис 2. Дереья цитохромов, построенные программой fastme и оценкой эволюционных расстояний p-distance (слева) и MtREV (справа).


Дерево цитохромов, построенное программой iqtree, отличается гораздо сильнее (рис. 3).
Во-первых, тут Tupaia belangeri (TUPBE) ближе к Dendrogale melanura (DENME), а не к Tupaia glis (TUPGL).
Во-вторых, дерево перестало быть бинарным, появился неразрешенный узел: Suricata suricatta (SURSU) и Mungos mungo (MUNMN, мангуст:) перестали образовывать отдельную кладу. В-третьих, все рассматриваемы Виверровые (Viverricula indica (VIVIN), Viverra zibetha (VIVZI), Paguma larvata (PAGLA), Arctogalidia trivirgata (ARCTR)) перестали образовывать монофилетичную кладу, эта группа стала парафилетичной, и вместе с рассматриваемыми Куньими (Galictis vittata (GALVI), Gulo gulo (GULGU), Martes melampus (MARME)) и Енотовыми (Bassariscus astutus (BASAS)) начали образовывать единую, монофилетичную кладу (сами Енотовые и Куньи образовали правильную кладу).

Рис 3. Дерево цитохромов, построенное программой iqtree.