Практикум 9. Поиск предков кристаллинов и антифризов

Для анализа была взята последовательность белка β-кристаллина B1 человека (Uniprot ID: CRBB1_HUMAN, AC: P53674).
Последовательность: Beta-crystallin.

Порог на E-value: 0.005, база данных - swissprot, остальные параметры были оставлены по умолчанию.

При первой итерации PSI-BLAST (которая ничем по сути не отличается от BLASTP) было обнаружено 103 находки, почти все белки были бета- и гамма-кристаллинами.

На второй итерации добавилось три белка, один акулий, два бактериальных:)

На пятой итерации появился белок spherulin слизевика Badhamia polycephala.

Было проведено еще 5 итераций, новых находок не было обнаружено.


Среди находок есть предполагаемый предок этого кристаллина: AIM1 человека и мыши (выравнивания: output.txt).

По-другому эти белки называются Beta/gamma crystallin domain-containing protein.