|
||||
EMBOSS |
||||
|
European Molecular Biology Open Software Suite — набор программ, созданных для нужд молекулярной биологии и биоинформатики. Первой в рамках
этого проекта была создана EMBnet, соединившая центры биоинформатики по всему миру. В ОС UNIX cуществуют комманды, EMBOSS, облегчающие работу с
данными молекулярной биологии. По этой ссылке вы найдёте полный список
команд EMBOSS для UNIX. |
||||
infoseq |
||||
|
Команда infoseq (Display basic information about sequences) позволяет быстро находить информацию о каком-либо белке в специализированных бызах данных.
Например, для проведения поиска в БД Swiss-Prot необходимо ввести идентификатор белка следующим образом: |
||||
infoseq sw:yokd_bacsu |
||||
И вы получите следующий результат:
USA Database Name Accession Type Length Organism Description
|
||||
Команда не чувствительна к регистру. Если показанная информация вам кажется излишней, то вы можете при введении запроса уточнить, какие именно колонки
вы бы хотели увидеть. Это можно сделать двумя способами: с помощью флага -only и последующего перечисления нужных вам колонок или при
помощи флагов -no%_insert_column_title_here_%, убирающих указанные колонки.Также при помощи этой команды можно искать данные сразу по множеству белков, применяя "*" при введении идентификатора белка. Например, следующие две команды
infoseq -only -usa -length -description sw:yok*_bacsu
дают одинаковый результат:
Display basic information about sequences
|
||||
entret |
||||
Эта команда позволяет получить информацию о нужном вам белке белке из какой-либо базы данных. Для этого вам необходимо ввести команду в следующем
формате:entret [код БД]:[идентификатор белка]Если вы не ошиблись при вводе и белок (или белки) был найден в БД, то команда попросит вас указать файл в рабочей директории, куда стоит сохранить результат. Вот пример использования команды: fedor.g@kodomo:~$ entret sw:yokd*
Информация о белке в БД SwissProt и TrEMBL структурирована, и для ориентирования в ней советую посетить
эту страницу
|
||||
showdb |
||||
Это довольно полезная команда-справка, выводящая на экран список принятых в EMBOSS сокращённых названий БД и краткую справку о них. Вот вывод этой
команды на 21 февраля 2013:Displays information on configured databases
|
||||
bash |
||||
|
bash - командная оболочка UNIX, позволяет работать с вводным и выводным потоками данных. В bash предусмотрено несколько каналов вывода информации: stdout и stderr. Они также обозначаются цифрами 1 и 2
соответственно. Канал ввода всего один и обозначается stdin или цифрой "0".stdout предназначен для обычного вывода программы, когда stderr — для вывода ошибок. Вывод программ можно перенаправлять в
файл при помощи операторов > и >> cледубщим образом:комманда > файл (заменяет всё содержимое файла выводом stdout)комманда >> файл (добавляет в конец файла вывод stdout)комманда 2> файл (-//- stderr)комманда 2>> файл (-//- stderr)комманда &> файл (перенаправляет stdout и stderr в файл)2>&1 (перенаправляет stderr в stdout) |
||||
В UNIX имеется возможность применять маски файлов:
* - заменяет неограниченное количество любых символов
|
||||