ЛИГАНДЫ В БЕЛКЕ YokD |
Назад |
В белке имеется 6 COA (кофермент А) коферментов, расположение которых показано на фиг.1. Кофермент А крайне важен для жизни любых существ, поскольку отвечает за ацилирование (перенос ацильных -R-C=O остатков) в реакциях синтеза и окисления жирных кислот.
Размеры коферментов примерно в 7-8 раз меньше размеров белка. См.фиг.2 и 3
| Ширина мол-лы белка | Длина мол-лы белка | Высота мол-лы белка | Размеры лиганда | |
| В Ангстремах | 79.1 | 101.3 | 107.3 | 13.84 |
| В нанометрах | 7.91 | 10.13 | 10.73 | 1.384 |
| В метрах | 7.91 * 10-9 | 10.13 * 10-9 | 10.73 * 10-9 | 1.384 * 10-9 |
Покажем более подробно лиганд в цепи А. См.фиг4 и 5.
На схеме ниже (фиг.6) показан сайт связывания COA. Как можно заметить, заряд при одном из фосфоров отрицателен, что и позволяет этому коферменту принимать положительно заряженные ацил- ионы
Cкрипт, с помощью которого можно получить изображения с этой страницы:
zoomto 2;background [xFFFF99]; restrict ligand; wireframe 150; rotate y 90; rotate x -45
select coa and *.c6a; label COA; color label black; set fontsize 10; set labeloffset 10 0;monitor 12282 12317 ; set monitor 5; color monitor blue
echo "расположение лигандов в белке; их длина"
pause
monitor 12282 12317; select all; label off; trace on; cpk off
monitor 10270 5634; monitor 5862 1819
echo "длина и высота белка"
pause
monitor 10270 5634;monitor 5862 1819
rotate y 90; monitor 8250 5867
echo "ширина белка"
pause
monitor 8250 5867; rotate y -90
restrict :a; color green; select coa and :a; wireframe 100; color cpk
zoomto
echo "лиганд в цепи А"
pause
center coa and :a
select :a; trace off; cpk off;
zoom 300
rotate z 20
rotate x 45
rotate y -10
select within (3.0, coa and :a) and protein; wireframe 50; color cpk; cpk 30
select 114:a; wireframe 50; color cpk; select atomno=830; label GLN114; set fontsize 20; set labeloffset 6 10
select 45:a; wireframe 50; color cpk;select atomno=317; label VAL45; set fontsize 20;set labeloffset -4 -2
select 38:a; wireframe 50; color cpk; select atomno=262; label SER38; set fontsize 20
select 40:a; wireframe 50; color cpk; select atomno=279; label SER40; set fontsize 20
monitor 12133 830
monitor 314 12108
monitor 267 12137
monitor 281 12136
monitor 317 12114