PFAM

 Назад
табл.1

Доменная структура белка YOKD_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка XXXX_BACSU Клан
1. PB160611 ---
Семейство автоматически сгенерировано программой		 1-32
2. PF02522 Antibiotic_NAT Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
Аминогликозидная N3'-ацетилтрансфераза
(инактивирует антибиотики ацилированием)		 33-265 ---
Domain of unknown function
Домен Antibiotic_NAT входит в 7 архиетектур и для 757 его содержащих белков известна последовательность, у 4 из которых определена пространственная структура. Здесь расположено выравнивание этого домена. Данное выравнивание доказывает гомологичность доменов, поскольку, несмотря на наличие разрывов, блоки как в начале, так и в конце, имеют сходное строение.

Встречаемость доменов


Белок YokD_BacSu включает только один достоверный домен, поэтому для дальнейшей работы я взял именно этот домен (Antibiotic_NAT) и ещё один, который входит в одну из архитектур (см.фиг.1) упомянутого домена: AMP-binding. Данные, полученные при сравнении см. в табл.2 и 3.

фиг.1: архитектура AMP-binding, AMP-binding_C, Antibiotic_NAT, встречается в 4 послед-х
Табл.2
Домен Кол-во послед-й,
включающих только этот домен		 Кол-во послед-й,
включающих этот домен
AMP-binding 14'455 67'453
Antibiotic_NAT 745 757
NIF 2'235 2'877
К сожалению, домен AMP-binding входит в белки более чем 5'000 видов, и таксономическое дерево его обладателей нельзя построить автоматически при помощи средств PFAM, поэтому для работы с деревьями я дополнительно взял домен NIF, который встречается с Antibiotic_NAT только в одной архитектуре (см.фиг.3), характерной только для одного белка (B6ASM8_9RHOB).


фиг.3: архитектура Antibiotic_NAT, NIF Представленность доменов в организмах разных таксонов (табл.3), в скобках написан подтаксон, если в него входят все белки с данным доменом.
Таксон
Количество белков с доменом Antibiotic_NAT.
Количество белков с доменом NIF.
Eukaryota Viridiplantae 0 588
Fungi 5(Sordariomycetes) 690
Metazoa 0 818
Остальные эукариоты 0 1209
Archae 9 6(Thermococcaceae)
Bacteria 734 74
Вирусы 1 28


Как легко заметить, домен Antibiotic_NAT встречается почти исключительно в бактериях, что не удивительно, если учесть, что само семейство этих доменов было названо в честь белков, инактивирующих антибиотики. NIF(NLI interacting factor-like phosphatase) же гораздо более часто встречается у эукариот, чем у прокариот.

Сравнение описаний мотивов

При помощи комбинированной БД InteRPro получить новых данных о YokD_BacSu не удалось. Как видно из фиг.4, единственная интегрированная в InteRPro запись – всё тот же Antibiotic_NAT, описанный в БД Pfam. Также в эту БД интегрирована информация о структуре этого белка из SCOP и PDB.
© Галкин Федор