PSI-BLAST

 Назад
Поиск гомологов в PSI-BLAST – инструмент для поиска гомологичных белков, как и pBLAST с тем отличием, что просто BLAST всегда использует зарнее заготовленную матрицу весов замен аминокислот, когда PSI-BLAST после проведения первого поиска по той же матрице составляет новую, уникальную для данного белка, которая учитывает не только встречаемость аминокислот, но и их порядок. Для второго и последующих поиска можно модифицировать эту новую матрицу, выбирая белки, по которым она будет строиться.
Работа этой машины была рассмотрена на примере белка Q9NXZ6. В табл.1 приведены данные по поиску при помощи PSI-BLAST. Несмотря на то, что алгоритм, кажется, должен находить спустя несколько циклов некоторое количество пропущенных BLAST белков, это не так.
Во-первых, при пользовании этой машиной необходимо тщательно проверять, по каким именно белкам будет составляться матрица, иначе с каждым новым поиском количество не имеющих к данному белку будет становиться только больше (см.фиг.1). При отборе белков я выбрасывал последовательности с более чем 340 АО. Однако, как показало последующее выравнивание (см.фиг.2), ряд белков длиной в 212-230 и 330-340, а также один белок длиной 263 (NP_001158365.1), тоже были лишними. В результате, все оставшиеся белки имеют очень высокую идентичность (см.фиг.3), что, возможно, является естественным. Но суть в том, что не было обнаружено никаких новых белков, которых бы не обнаружил обычный BLAST.


фиг.1 – некоторые результаты BLAST, которые помешают дальнейшему поиску гомологов

фиг.2 – изначальное выравнивание с яано лишними последовательностями

фиг.3 – то же выравнивание, что и на фиг.2, но лишние последовательности убраны
Не был обнаружен сам белок Q9NXZ6_HUMAN, поэтому помимо поиска в RefSeq я провёл и поиск в nr. При поиске я уже был более избирателен. Также я убрал половину белков с идентичностью более 90%, чтобы матрица не была слишком строгой. Но даже эти меры не помогли найти новые последовательности. По-прежнему все обнаруженные белки практически полностью идентичны и так же имеются явно сторонние последовательности (см.фиг.4).
Cамо выравнивание

фиг.4 – выравнивание, составленное по поиску гомологов белка Q9NXZ6_HUMAN в БД nr
Номер итерации Порог Е-value Число новых находок выше порога Идентификатор худшей находки выше порога E-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки БД
1a 0.0001 53 (45 - в след.итер-ю) XP_002432262.1 1 x 10-5 XP_002408568.1 0.037 RefSeq
2а Новых белков не появилось
1b 0.005 55(51 - в след.итер-ю) XP_002408568.1 0.003 XP_003427942.1 0.016
2b 0.005 2 (1 [XP_003366205.1] - в след.итер-ю) XP_003427942.1 0.001 XP_003701755.1 0.014
3b Новых белков не появилось
1c 0.0001 84 (52 - в след.итер-ю) XP_003400296.1 2 x 10-7 XP_002432262.1 1 x 10-4 nr
2c 0.0001 8 (0 из них подходит) EGI62083.1 4 x 10-5 EHJ63250.1 1 х 10-4

Табл.1 – нек-рые результаты при помощи PSI-BLAST
© Галкин Федор