НУКЛЕОТИДНЫЕ БАНКИ ДАННЫХ |
Назад |
Поиск хромосом был проведён через систему SRS в БД RefSeq.
Гены дрожжей могут находиться на обоих цепях ДНК.
Большинство ядерных генов дрожжей не содержит интронов. Отличить интронные от безинтронных генов можно по количеству чисел, разделённых двумя точками в поле CDS (см.фиг.1).
На сайте NCBI можно найти генные карты различных организмов, в том числе и дрожжей (см.фиг.2-3).
– ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов:
DLD3 Dld3p [ Saccharomyces cerevisiae S288c ]
– ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов:
TCA17 Tca17p [ Saccharomyces cerevisiae S288c ]
– гена, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон:
GIM4 Gim4p [ Saccharomyces cerevisiae S288c ]
– ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон:
BUD25 Bud25p [ Saccharomyces cerevisiae S288c ]
фиг.1 - данный ген имеет два экзона
фиг.2 - схема безинтронного гена на обратной цепи V хромосомы пекарских дрожжей
фиг.3 - схема гена на прямой цепи с одним интроном
Задание 2 При помощи EMBOSS-команды entret я нашёл идентификаторы белка YokD_BacSu в БД EMBL — AL009126 и CAB14081.1 (первый идентификатор соответствует целому куску генома, а второй — нуклеотидной последовательности самого белка). В записи CAB14081.1 в поле CDS записаны координаты гена в геноме:
AL009126.3:2281667..2282485. Применим команду seqret, чтобы получить нуклеотидную последовательность гена.Всё то же самое можно сделать и через Интернет-сервисы. На сайте Uniprot (см.фиг.4) найдём ссылку на запись в БД ENA. Там внизу страницы можно найти участок ДНК, на котором закодирован этот белок.
Оба пути ведут к одному результату — CDS белка YokD_BacSu:
>ENA|CAB14081|CAB14081.1 B.subtilis str. 168 aminoglycoside N3'-acetyltransferase ATGAAAAAAATAGTTGAAAGTACAACTTTTCCAAGAACAAAACAGTCTATAACAGAAGAT TTGAAAGCTTTAGGATTAAAGAAAGGGATGACCGTACTTGTACATTCCTCTTTATCTTCT ATAGGATGGGTAAATGGTGGAGCTGTTGCTGTGATTCAAGCATTAATAGATGTTGTTACT GAAGAAGGTACCATCGTGATGCCTTCTCAATCCGTGGAATTATCTGACCCAAAAGAATGG GGAAACCCTCCCGTACCAGAGGAGTGGTGGGATATTATTAGAGAAAGTATGCCAGCCTAT AATTCTAACTATACCCCCACTACTAGAGGGATGGGGCAAATAGTAGAGTTATTCAGGTCT TATCCAGAAGTTAAAAGAAGTAATCACCCAAACTACTCCTTTGTAGCTTGGGGAAAACAT AAAAACAAAATCCTTAATCAACATCCTTTAGAATTCGGACTGGGTGAACAATCACCTCTG GGGAAACTTTATATACGGGAATCATATGTATTATTATTAGGTGCTGATTTTGATAGTAGT ACCTGCTTCCATCTTGCTGAGTACAGAATTCCTTATCAAAAAATTATAAACAGGGGTGCA CCTATAATAGTAGAAGGTAAAAGAGTATGGAAAGAATATAAAGAACTTGAATTTAGAGAA GAACTATTTCAAGAAGTCGGTCAAGCGTTTGAAGCAGAACATAATATGAAAGTTGGCAAA GTGGGTTCTGCTAATTGCCGCCTTTTTTCACTTACAGAAGCAGTGGATTTTGCTGAGAAA TGGTTTATTAATAATGATAGTAAAAATATAAAAAAATAG
фиг.4 - часть записи белка YokD_Bacsu в БД Uniprot со ссылками на другие БД.