ГЕНОМНЫЕ БРАУЗЕРЫ |
Назад |
Я выбрал ген GSK3B_HUMAN. При помощи UCSC Genome Browser можно найти подробную информацию об этом гене:
#он закодирован на обратной цепи;
#ген расположен в 13.33-полосе q-плеча третьей хромосомы;
#точные координаты гена chr3:119,540,802-119,813,264;
#в гене закодировано три продукта (длиной в 36'836 и 266'647 п.н., причём один из продуктов включает 2 экзона (и не транслируется), второй — 11, третий — 12)
фиг.1 — вариант графического представления информации о гене: показаны разные варианты сплайсинга участки метилирования, выравнивание с геномом резуса, одиночные полиморфизмы.
Задание 2
Функционал Ensembl позволяет составлять геномные выравнивания. Я выровнял ген человека GSK3? с геномом шимпанзе (Pan troglodites):
chimp_GSK3B.clustal
Выравнивание обработали программой
distmat пакета EMBOSS, чтобы получить матрицу эволюционной близости этих последовательностей:
Distance Matrix
---------------
Uncorrected for Multiple Substitutions
Using base positions 123 in the codon
Gap weighting is 0.000000
1 2
0.00 0.87 homo_sapiens_1-273710 1
0.00 pan_troglodytes_1-273710 2
Учитывалась вариабельность во всех трёх нуклеотидах. Мерой эволюционного родства (число в матрице) является количество различающихся основний на сотню.На сервисе Ensembl имеется возможность просмотреть однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) внутри вида. Общее число SNP в гене Gsk3B_HUMAN — 12'810, из которых изменяют нуклеотидную последовательность экзонов только 331, ещё 50 замен влияют на донорно-акцепторные сайты интронов. То есть в гене находится примерно по 0.05 замен на один нуклеотид, или 5 на сотню, что заметно больше 0.87. Однако в одном организме не обязательно должны присутствовать все SNP.