КЛАССИФИКАЦИЯ ФЕРМЕНТОВ (EC)

 Назад
Работа проводилась над белком O15111(IKKA_HUMAN) — IkB-киназой альфа.
В классификации ферментов по типу активности, этот белок имеет номер EC=2.7.11.10 (см.табл.1). Ферменты с таким типом активности — специфичные сериновые (замена мишеней на треонин сильно снижает активность) киназы белков семейства IkB, катализируемая ими реакция:
ATP + [I-kappa-B protein] <=> ADP + [I-kappa-B phosphoprotein]

ECАктивностьБелков человека с таким ЕС
2.*.*.*Трансферазы1461
2.7.*.*Трансферазы фосфор-содежащих групп916
2.7.11.*Серин-треониновые киназы378
2.7.11.10IkB kinases3

Табл.1 — Представленность групп ферментов с активостью, похожей на активность IKKa, в протеоме человека. Поиск групп осуествлялся в SRS-сервисее

С сайта Uniprot.org были скачены последовательности всех трансферазы (ЕС=2.*.*.*) домовой мыши. По трансферазам мыши был проведён BLAST-поиск гомологов белка IKKA_HUMAN c порогом по e-value: 1e-06. Выравниваний, удовлетворяющих этому условию — 555, в таблице 2 выписано, к каким классам ферментов они принадлежат.

ECN выраваний
2.7.11.1 247
2.7.10.1 108
2.7.10.2 55
2.7.11.22 28
2.7.11.13 25
2.7.11.25 17
2.7.11.24 14
2.7.12.1 13
2.7.11.17 11
2.7.12.2 7
2.7.11.12 6
2.7.11.21 4
2.7.11.18 3
2.7.11.10 3
2.7.11.16 3
2.7.11.26 2
2.7.11.19 2
2.7.11.11 2
2.7.11.15 2
2.7.11.30 1
2.7.11.1 1
2.7.11.14 1
Итого: 555

Табл.2 — в выдаче BLAST имеется 555 последовательностей, выравнивания которых с IKKA_HUMAN имеют e-value менее 1e-06. Многие из них имеют одинаковую ферментную активность.

Выдача BLAST: IKKa-BLAST.txt
Cписок трансфераз мыши и их номера EC: ID-EC.txt
Скрипты, применявшиеся для обработки данных: py.rar
© Галкин Федор