Файл структурных факторов

Назад
Файл структурных факторов (СФ) 1DGK

Скачанный с сайта PDB cif-файл выглядит по крайней мере странно. В нём содержится более 25'000 СФ, и у всех из них в графе _refln.status стоят только буквы "o", а это означает, что все обозначенные рефлексы использовались в улучшении атомной модели. Тем не менее на странице 1DGK в PDB написано значение R-free, при вычислении которого в cif-файле должны были остаться "f". Возможно, экспериментаторы намеренно оставили в cif-файле только "модельные атомы".

В cif-файле пропущены некоторые СФ. Среди них много таких, где какой-либо из индексов Миллера близок к нулю:

  • 0 0 1-3
  • 13 34 0
  • 14 43 0
  • 26 19 0
  • 42 17 0-4
  • 42 18 0-5
  • 43 13 0-9
  • 0 51 2


На взгляд не видно, чтобы были пропущены какие-либо СФ, если есть СФ с более маленькими индексами Миллера (напр., 13 14 10 может быть пропущен, только если пропущен и 13 14 9, 13 13 10 или 12 14 10)

© Галкин Федор