D1

 Назад

#Cравните границы 4 элементов вторичной структуры


В 1DGK.pdb обозначена одна очень длинная альфа-спираль на участке 364-402, включающая 39 аминокислот.
Алгоритм DSSP тоже распознал эту область как альфа-спираль. Соседний бета-тяж 406-413 тоже присутствует в обоих разметках.
Совпадают и границы двух других альфа-спиралей, разъединённых всего одним поворотом: 480-500 и 500-505.



Рис.1 — границы элементов вторичной структуры (подписаны), обозначенные в заголовке 1DGK.pdb, совпадают с теми, что получаются в ходе работы алгоритма DSSP (см.выдачу).

#С помощью SheeP постройте карту одного из бета-листов


С помощью SheeP подробно была рассмотрена структура одного из бета-листов в 1DGK (см.рис.2).
На рис.2 обозначены остатки, составляющие этот лист. Видно, что каждый тяж — зигзаг белкового остова, изгибы которого через один образуют хребты и впадины. Данный лист расположен с краю мономера и на поверхность выходят как хребты, так и впадины. Карта этого листа не содержит пробелов или вставок, это значит, что в нём нет остатков, не вписывающихся в общую бета-структуру (выпячиваний).


Рис.2 — один из бета-листов структуры 1DGK. А: карта остатков, разными цветами выделены гребни; В: изолированный бета лист из структуры, ориентирован как на карте; С: бета-лист (нижний) в белковом окружении; D: бета лист отображён в виде ribbon, нижние гребни покрашены в синий (соответствуют красным колонкам на карте); Е: на поверхность мономера 1DGK выходят остатки как нижних, так и верхних гребней; F: водородные связи в бета-листе, при антипараллельном расположении тяжи соединяются водородными связями гребней только одной стороны, при параллельном — верхние гребни соединяются с нижними (шарами обозначены О- и N-атомы белкового остова), в этом бета листе нет выпячиваний.

А вот в одном из других бета-листов такоe выпячивание есть (см.рис.3).


Рис.3 — бета-лист с выпячиванием; А: карта бета-листа, выпячивание занимает отдельную колонку, потому что не относится ни к верхним, ни к нижними гребням; В: схема водородных связей в бета листе, выпячивание выделено зелёным; В: крупный план выпячивания, расположение N- и О-атомов (большие синий и красный шары, соответственно) остова в нём нетипично для бета-структуры.

Некоторые команды pymol, использованные при выделении вторичных структур

Сторона

На рис.4 показан бета-лист с рис.2 в окружении двух гидрофобных кластеров, найденных при помощи CluD. Как видно, с ними контактируют остатки, расположенные по обе стороны листа.


Рис.4 — изображение, полученное в CluD при помощи команд: 
hide not (50-250)
select 104-112 or 90-98 or 78-86 or 149-155 or 204-208
color orange
select 106,96,79,108,94,81,150,110,92,83,152,206,112,90,85,154
color red
Как видно, разные стороны бета-листа контактируют с гидрофобными ядрами.
© Галкин Федор