Восстановление электронной плотности

Назад
Для моделирования гауссиан, описывающих распределение е-плотности в одномерной молекуле, скрипт compile-func.py был запущен со следующими параметрами:

python compile-func.py -g 30,2.5,8+20,4,9+10,3,10.4+30,1,13.8+30,1.6,15+20,1,16.5


Рис.1 — Исходная одномерная функция электронной плотности

Параметры намеренно подбирались таким образом, чтобы в молекуле одни атомы были легко различимы, когда другие образуют общее, практически единое электронное облако.

В данном примере минимальное расстояние между пиками – 1А. По телеграфной теореме для восстановления исходного графика достаточно разложение на гармоники с разрешением менее 2А. Однако 4 и 5 пики довольно широкие, хотя и отстоят на 1.5А друг от друга, и возможно, даже при такой частоте их не удастся различить.

Проверим, сколько гармоник, полученных при помощи скрипта func2fourier.py достаточно, чтобы восстановить график с рис.1

python func2fourier.py -F 0 -P 0
python fourier-filter.py -r 0-15
python fourier2func.py -o no_noise_1-15.txt
При использовании первых 16 гармоник фон выражен слабо и можно различить 4 из 6 пиков. Разрешение этого фурье-синтеза, по условиям задания, составляет 2А.
При использовании первых 31 гармоник картина исходная картина восстанавливается отлично.
В промежуточном варианте с разрешением 1.5А (21 гармоника) можно даже различить слившиеся пики 4 и 5. Но пики 1 и 2 сливаются в один, несмотря на то что исходно они были раздельны – такое разрешение оказалось недостаточным для разделения пиков на расстоянии 1А. (см.рис.2)


Рис.2 — восстановление ЭП полным набором гармоник в отсутствие шума.

Теперь проверим, насколько точными останутся результаты при внесении шума.
При уровнях шума 5%-10% по амплитуде и фазе сигнала результат практически не отличается от случая без шума. При уровне шума 20%-30% по обоим параметрам узнавание исходных пиков превращается в особое искусство. При более высоких помехах восстановленная функция уже не несёт никакой информации.
Из серии Фурье-синтезов с помехами только в одном параметре видно, что шум в R сильнее искажает картину, чем шум в F.(см.рис.3)


Рис.3 — восстановление ЭП полным набором гармоникпри наличии шума (первое число — % шума в параметре F, второе — в параметре R).

Обработка неполнх наборов гармоник показала, что невозможно восстановить ЭП, не зная гармоник низкого порядка. В то же время гармоники высокого порядка можно пропускать практически безболезненно.(см.рис.4)

Рис.4 — синтез Фурье по неполному набору гармоник. Использованные в синтезе гармоники обозначены числами.

Набор гармоник

Разрешение

(Å)

Полнота данных

(%)

Шум амплитуды (% от величины F)

Шум фазы

(% от величины phi)

Качество восстановления

(отличное, хорошее, среднее, плохое)

Полный набор гармоник

0-15

2A

100%

0

0

Средне

0-30

100%

0

0

Отлично

0-20

1.5А

100%

0

0

Хорошо

-//- x3

-//- x3

100%

5

5

-//- x3

0-20

1.5А

100%

10

10

Средне

0-30

100%

10

10

Отлично

0-20

1.5А

100%

20

20

Средне

0-30

100%

20

20

Отлично

0-30

100%

30

30

Средне

0-15

100%

50

0

Плохо

0-30

100%

50

0

Средне

0-30

100%

70

0

Средне

0-15

100%

0

50

Плохо

0-30

100%

0

70

Плохо

0-30

100%

0

50

Плохо

Неполный набор гармоник

10-40

0.75А

76%

0

0

Ужасно

1-30

97%

0

0

Хорошо

5-30

81%

0

0

Плохо

1-5, 11-15, 25-30

52%

0

0

Плохо

0-5, 25-50

0.6А

64

0

0

Плохо

5-40

0.75

88%

0

0

Плохо


Табл.1 — результаты Фурье-синтезов с разными параметрами скриптов

© Галкин Федор