| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
Название - Pelotomaculum thermopropionicum, Пелотомацилум термопропионикум или Термофильная пропионат-окисляющая бактерия
Общая характеристика бактерии:
Pelotomaculum thermopropionicum - анаэробная, термофильная бактерия, участвующая в пропионат-окислительных реакциях и реакциях брожения летучих кислот. Бактерия является синтрофной по отношению к Метанобактериям. Их симбиоз приводит к более эффективному окислению пропионатов. P. thermopropionicum имеет сложные регуляторные механизмы, она изменяет свой обмен веществ в ответ на присутствие синтрофного партнера и ростовых субстратов. Pelotomaculum thermopropionicum выращивают в монокультуре или совмеcтно с Methanothermobacter thermautotrophicus (Метанотермобактериями). Еще одно интересное полезное свойство этой бактерии, состоит в том, что она может катализировать реакции гидратации / дегидратации фумарата в малат. Ее микрофотография представлена на рис.1.
Таксономия
- Домен Bacteria
- Отдел Firmicutes
- Класс Clostridia
- Порядок Clostridiales
- Семейство Peptococcaceae
- Род Pelotomaculum
- Вид Pelotomaculum thermopropionicum
Геном бактерии
| Количество последовательностей, кодирующих белки | Тип хромосомы | Количество пар нуклеотидов | Содержание пар G-C | Процентное содержание экзонов (кодирующая область гена) | Количество генов |
|---|---|---|---|---|---|
| 2884 | Кольцевая | 3025375 | 53% | 86% | 2919 |
Название статьи, содержащей информацию о бактерии
The genome of Pelotomaculum thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota.
Авторы статьи
Kosaka T, Kato S, Shimoyama T, Ishii S, Abe T, Watanabe K.
Аннотация статьи
The anaerobic biodegradation of organic matter is accomplished by sequential syntrophic catabolism by microbes in different niches. Pelotomaculumthermopropionicum is a representative syntrophic bacterium that catalyzes the intermediate bottleneck step in the anaerobic-biodegradation process, whereby volatile fatty acids (VFAs) and alcohols produced by upstream fermenting bacteria are converted to acetate, hydrogen, and carbon dioxide (substrates for downstream methanogenic archaea). To reveal genomic features that contribute to our understanding of the ecological niche and evolution of P. thermopropionicum, we sequenced its 3,025,375-bp genome and performed comparative analyses with genomes of other community members available in the databases. In the genome, 2920 coding sequences (CDSs) were identified. These CDSs showed a distinct distribution pattern in the functional categories of the Clusters of Orthologous Groups database, which is considered to reflect the niche of this organism. P.thermopropionicum has simple catabolic pathways, in which the propionate-oxidizing methylmalonyl-CoA pathway constitutes the backbone and is linked to several peripheral pathways. Genes for most of the important catabolic enzymes are physically linked to those for PAS-domain-containing regulators, suggesting that the catabolic pathways are regulated in response to environmental condition and/or global cellular situations rather than specific substrates. Comparative analyses of codon usages revealed close evolutionary relationships between P. thermopropionicum and s other niche members, while it was distant from phylogenetically related sugar-fermenting bacteria. These analyses suggest that P. thermopropionicum has evolved as a syntrophy specialist by interacting with niche-associated microbes.
Идентификатор статьи в PubMed
PMCID: PMC2259108
PMID: 18218977
Запрос PubMed, которым найдена эта статья
pelotomaculum thermopropionicum AND genome.
Статья
Ссылки на другие источники
Cтраница с ссылками на статьи о бактерии в PubMed
Общая информация про бактерию sgmjournals.org
Рис.1. Микрофотография бактерии (части картинки C и D)
Ссылка на источник
Почему секвенировали ее геном?
Секвенирование - определение нуклеотидной последовательности ДНК. Эти организмы (так называемые синтрофы) являются биологически значимыми, так как считаются идеальной моделью для решения биоэнергетических задач, таких, как изучение катаболических пропионат-окислительных путей. Бактерия далека от филогенетически связанных с ней бактерий, отвечающих за брожение сахара, но тем не менее обладает теми же свойствами.
**Термофильный организм - тип экстремофилов, который процветает при относительно высоких температурах, между 45 и 122°C .
© Fedorova Alla, 2012