| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
Опиcание доменной архитектуры белка MRGA_BACSU в соответствии с банком Pfam.
С главной страницы Pfam доступны разные виды поиска. В частности, "JUMP TO" позволяет искать по ID белка. Введем в этом поле идентификатор белка MRGA_BACSU: P37960. Получаем следующее:
Результаты поиска, в частности описание домена приведено в таблице ниже:
Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме | |||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка CDD_BACSU | Клан |
| 1 | PF00210 | Ferritin-like | Ferritin, это семейство железосодержащих белков, которое содержит ферритины и другие ферритин-подобные белки такие, как члены семейств DPS и бактериоферритинов. Их функция - связывание и депонирование Fe, противостояние окислительному стрессу. | 14-153 | Ferritin (CL0044) (Ferritin-like Superfamily) содержит 19 семейств с довольно различающимися функциями. Характерной особенностью служит наличие определенной пространственной структуры - Helix bundle, т.е. совокупность альфа-спиралей, которые располагаются в пространстве параллельно или антипараллельно. Кроме того, некоторые из них содержат Mn или Fe в центре структуры из альфа-спиралей. |
Данные о домене белка MRGA_BACSU
Домен входит в 13 архитектур;
Для 10640 белков, содержащих домен, известна последовательность;
Пространственная структура определена для 60 последовательностей (белков или доменов).
Сохраним выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену. Выберем ALIGNMENT, в нем - seed, формат - MSF, затем - Generate:
Получаем следующий файл: alignment.msf
Визуализируем это выравнивание с помощью JalView:
Глядя на выравнивание, мы можем отметить, что хорошо заметны блоки, которые отвечают за домен Ferritin-like. Мы может сделать вывод, что это выравнивание подтверждает гомологичность доменов.
Описание доменной структуры, в которой присутствует два или более разных домена. Встречаемость доменов в разных организмах.
Т.к. у белка MRGA_BACSU всего один домен, то воспользуемся следующими действиями:
1)В меню сверху выбираеv "Achitecture";
2)Выбираем доменную структуру, состоящую из 2 доменов.
Чтобы определить, в скольких организмах встречается домен, воспользуемся следующим:
1)Откроем страничку домена;
2)Перейдем по ссылке "Species", далее - "Tree";
3)Т.к. слишком много организмов, в которых встречается данный домен, дерева не наблюдается, значит воспользуемся диаграммой.
Встречаемость домена PF00210 (семейство - Ferritin) в разных организмах:
| Таксон | Количество встреч в последовательностях с доменом | |
| Эукариоты | Зеленые растения (Viridiplantae) | 205 |
| Грибы (Fungi) | 14 | |
| Животные (Metazoa) | 1067 | |
| Остальные эукариоты | 191 | |
| Археи (Archaea) | 169 | |
| Бактерии (Bacteria) | 9132 | |
| Вирусы (Viruses) | 12 | |
Встречаемость домена PF01965 (семейство DJ-1_PfpI) в различных организмах:
| Таксон | Количество встреч в последовательностях с доменом | |
| Эукариоты | Зеленые растения (Viridiplantae) | 165 |
| Грибы (Fungi) | 321 | |
| Животные (Metazoa) | 307 | |
| Остальные эукариоты | 271 | |
| Археи (Archaea) | 165 | |
| Бактерии (Bacteria) | 8069 | |
| Вирусы (Viruses) | 0 | |
Таким образом, самое высокая встречаемость домена в Бактериях. Оба домена широко встречаются среди различных групп организмов, однако среди вирусов их очень мало.
Сравнение описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.
Самый короткий мотив - PS00819 (DPS_2), номера аминокислотных остатков: 61 - 75, описан в PROSITE.
Самый длинный мотив (домен) - сам белок (1 - 153) - PIRSF005900 (Dps), описан в PIRSF.
Кроме того, в InterPro интегрированы также:
SSF47240 (Ferritin/RR_like) из SUPERFAMILY; G3DSA:1.20.1260.10 (G3DSA:1.20.1260.10) из GENE3D; PF00210 (Ferritin) из Pfam; PS00818 (DPS_1) из PROSITE.
Границы структурных доменов: 15-152; в PFAM же: 14-153; т.е. границы доменов в PFAM несколько шире. На сайте PFAM представлены такие данные:
