| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
Задание 1.
Идентификатор белка, по которому ведется поиск: FRMD8_HUMAN (SwissProt).
Короткое имя гена: FRMD8
Полное имя гена: Homo sapiens FERM domain containing 8
Цепь, на которой он закодирован: + (прямая)
Хромосома: 11
Плечо и полоса, к которым принадлежит участок: chr11:q13.1
Координаты гена в последовательности хромосомы: 65,154,161-65,179,407
Количество альтернативных продуктов, закодированных в гене: 1
Количество экзонов: 11
Количество аминокислот: 464
Гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes):
Метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation):
Консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation):
Полиморфизмы (Common SNPs):
Задание 2.
Построим выравнивание выбранного гена человека с гомологичным геном шимпанзе и определите число различий. Файл: seq.fasta
. Подсчитаем число различий командой distmat пакета EMBOSS: distmat seq.fasta. Получим файл: file.distmat.Команда distmat для пары последовательностей ищет эволюционное "расстояние" между каждой парой нуклетотидов в выравнивнии и выдает количество замен на 100 пар оснований. Для данных последовательностей это значение - 1.07, что говорит о довольно-таки близком сходстве.
Число полиморфизмов можно посмотреть в разделе Genetic Variation - 4620.
Задание 3.
Перейдем, воспользовавшись ссылкой NCBI с Esemble на MapViewer. Вы видим визуализауию гена, который представлен в непривычном для нас виде - вертикальном:
Здесь же мы можем посмотреть на название гены, его координаты и расположение. Также мы можем переходить по ссылкам на другие страницы, содержащие данные о полиморфизмах, CDS и транскрипте, гомологах гена, зайти в Evidence Viewer и узнать о том, чем подтверждено существование гена. Можно также узнать поподробнее о белковом продукте и основную информацию о гене в разделе HGNC. Можно посмотреть данные о mRNA матричных организмов, повторы, вариации, контиги, клоны, транскрипты и гены в Ensembl, RefSeq.
Если же искать ген в самом Map Viewer, то в выдаче мы видим картинку с расположение гена на хромосоме и информацию о множестве транскриптов:
Сайт хорош приличным количество ссылок на разную информацию в NCBI. (Правда, почему-то не все страницы хотят открываться). Здесь можно скачивать интересующие данные, посмотреть разнообразную информацию о искомом гене, но абсолютно непривычно вертикальное расположение гена!