| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
Укоренение в среднюю точку
Попробуем укоренить дерево, полученное методом neighbor-joining. Для этого используем программу retree пакета PHYLIP и получим изображение с помощью программы MEGA. Ниже представлены исходное дерево и результат.
Исходное дерево Neighbour Joining Using PID:
Результат:
Мы можем наблюдать, что дерево осталось небинарным, хотя и произошло укоренение в новую точку. Однако новое укоренение вообще не соотносится с правильным деревом, т.к. класс Clostridia "влез" в один ряд с классом Bacilli.
Использование внешней группы
Maximum parsimony (метод максимальной экономии) не реконструирует длины ветвей. Поэтому деревья, построенные этим методом, невозможно укоренить в среднюю точку. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. Для этого был использован белок семейства RS2 из кишечной палочки Escherichia coli (RS2_ECOLI). Были получены последовательности белков этого семейства из бактерий, рассматриваемых в предыдущем занятии. Затем они были выровнены в JalView c помощью программы Muscle with Defaults и импортированы в программу MEGA для построения дерева с помощью алгоритма Maximum Parsimony. Далее дерево было укоренено и с помощью кнопки Show Subtree Separately был получен окончательный вариант дерева:
На этом дереве мы можем опять наблюдать соотнесение белка бактерии Finegoldia magna с классом Bacilli, т.е. правильнее было укоренить дерево в ветвь {LACDA,STRPN,BACAN,STAES}.
Бутстрэп
Проведем бутстрэп-анализ филогении белков отобранных бактерий можно провести с использованием одного из методов, доступных в программе MEGA. Ниже приведены изображения деревьев, полученные в результате бутстрэп-анализа белков с использованием метода UPGMA, число реплик было принято равным 100.
Дерево Original tree:
Дерево Bootstrap consensus tree:
Таким образом, полученные деревья, названные Original tree и Bootstrap consensus tree, совпадают, однако все также отличаются от правильного дерева укоренением не в {FINM2,CLOB1,CLOTE}, а в {CLOB1,CLOTE}.
Проверим поддержку неправильных ветвей. Для неправильной ветви: {LACDA,STRPN,FINM2} vs {CLOB1,CLOTE,STAES,BACAN} поддержка 55, довольно неплохая, но ниже по сравнению с остальными поддержками.