| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
d1 - Определение вторичной структуры
1. DSSP и Stride
Для работы была выбрана структура из практикума по ЯМР - 1B56 (у нее есть α-спирали и β-листы). Она представлена на рисунке 1. Использовались 2 алгоритма: DSSP и Stride (Выдача DSSP, выдача Stride). Данные по границам элементов вторичных структур приведены в таблице 1.
Рис.1. Структура 1B56.
| тип структуры | результат DSSP | результат Stride | аннотация в pdb-файле |
| α-спираль | 19-26 | 19-26 | 19-26 |
| α-спираль | 30-38 | 30-38 | 30-38 |
| 310-спираль | 4-7 | 4-7 | 4-7 |
| β-тяж | 9-15 | 9-17 | 9-15 |
| β-тяж | 42-48 | 42-48 | 42-48 |
| β-тяж | 51-57 | 51-57 | 51-57 |
| β-тяж | 62-68 | 62-68 | 62-68 |
| β-тяж | 73-76 | 71-77 | 73-76 |
| β-тяж | 82-90 | 81-90 | 86-90 |
| β-тяж | 93-100 | 93-100 | 93-100 |
| β-тяж | 103-112 | 103-112 | 103-112 |
| β-тяж | 115-122 | 115-122 | 115-122 |
| β-тяж | 125-133 | 125-133 | 125-133 |
Из интересных элементов здесь "перекрученная" спираль 310. Обоими алгоритмами она предсказана правильно. Эта спираль замечательна тем, что она любит встречаться на концах α-спиралей. В данной структуре она встретилась в петле между β-тяжами.
В целом, оба алгоритма демонстрируют сходные результаты как между собой, так и с данными с pdb-файла. Розовым в таблице 1 выделены несовпадающие результаты.
2. SheeP
Была получена карта для β-листа c помощью сервиса SheeP (рис.2). Данный β-лист содержит 7 тяжей. Каждый столбик - "хребет" структуры. JMol работать почему-то не захотел, поэтому использовался PyMol. Выделенный "хребет", а именно шестой столбик представлен на рисунке 4 (остатки 72, 86, 97, 106, 121, 126). На рисунке 5 показаны водородные связи в β-листе.
Сторона, обращенная к гидрофобному ядру выделена красным цветом (рис.2) Например, на рис.3 показаны голубым остатки, напраленные в сторону гидрофобного ядра (они соответствуют одному красному столбику на карте).
Рис.2. Выдача программы SheeP.
Рис.3. Структура 1B56 с выделенным желтым цветом β-листом (соответствующим рис.2), голубым обозначены остатки, направленные в сторону гидрофобного ядра (один красный столбик).
Рис.4. Структура 1B56 с выделенным желтым цветом β-листом (соответствующим рис.2) и "хребтом" (голубые сферы).
Рис.5. Выделенные водородные связи в структуре антипараллельного β-листа.