| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
Поиск границ доменов согласно различным классификациям.
1B56 (белок, связывающие жирные кислоты)
SCOP
| Класс | β-белки |
| Фолд | Lipocalins (баррель, закрытый или открытый, меандр) |
| Суперсемейство | Lipocalins (связывают гидрофобные лиганды) |
| Семейство | Белки, связывающие жирные кислоты (из 10 тяжей) |
Выделяют один домен - d1b56a_: 1b56 A(с 3 по 135 остаток)
Pfam
Выделяют домен с 8 по 134 остаток - липокалин.
CATH
Согласно ей, границы домена (1b56A00) следующие: 3-135.
ECOD (Evolutionary Classification of Protein Domains)
Т.е. согласно этой базе данных, границы домена (e1b56A1): 4-134.
1PKN (пируваткиназа)
Pfam
2 домена:
SCOP
3 домена (d1pkna1, d1pkna2, d1pkna3). Их границы, соответственно, 116-227; 12-115 и 218-395; 396-530.
 d1pkna1 |
 d1pkna2 |
 d1pkna3 |
Выводы
Можно заметить, что согласно БД Pfam границы получились меньше, чем в случае других баз данных (ECOD, CATH, SCOP). Кроме того, например, Pfam нашел всего 2 домена, а SCOP - 3 (в случае многодоменного белка 1PKN).