| Главная | Семестры | Проекты | Заметки | О себе | Полезные ссылки |
2. Получение последовательностей всех белков, структуры которых определены при помощи метода электронной микроскопии.
Будем использовать Anvanced Search, а именно: Experimental Method, ELECTRON MICROSCOPY. Результат (.fasta-формат в архиве): summ.txt.gz
Было обнаружено 917 таких структур.
3. Поиск пары белков, для которых гибкое структурное выравнивание включает существенно больше остатков, чем жесткое
В качестве алгоритма гибкого выравнивания возьмем FATCAT Pairvise Alignment. Сервер позволяет выполнять не только гибкое (flexible), но и жесткое (rigid) выравнивание. Воспользуемся примером из статьи Ye_2003(FATCAT).pdf:
2 структуры: 2spc, chain A (107 остатков) and 1aj3 (98 остатков).
Используем жесткое выравнивание.
На выходе получили следующее:
RMSD=4.6 (плохо);
P-value=1.38e-06;
Число выровненных остатков: 67
Используем гибкое выравнивание.
На выходе получили следующее:
RMSD=2.02 (заметно лучше) ;
P-value=1.05e-06;
Число выровненных остатков: 94
